Una piccola precisazione: le matrici identitį sono un concetto di matematica, matrici in cui la diagonale é composta da 1 e il resto degli elementi é 0 (http://en.wikipedia.org/wiki/Identity_matrix).
Probabilmente ti riferivi alle matrici si similaritį come le PAM e le BLOSUM.
Queste sono matrici che ti danno una indicazione di quanto é probabile osservare una sostituzione tra due aminoacidi in un allineamento, e di quale punteggio attribuire ad ogni posizione di una allineamento per calcolare il punteggio totale.
Per esempio, prendiamo la matrice blosum da wikipedia:
questa ti dice che quando confronti due sequenze e, nella stessa posizione, incontri una Ala al posto di una Asn, devi aggiungere -2 al punteggio totale dell'allineamento.
Esempio di allineamento:
Ala-Asp-Ser-Thr
Asn-Asp-Gly-Thr
il punteggio totale di questo allineamento é -2 + 6 +0 + 11 = 15.
matrici di identitą delle sequenze
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Inserito il - 08 luglio 2009 : 15:34:11
