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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
 Inserito il - 31 ottobre 2006 : 16:32:04
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ciao a tutti!
domanda facile facile per chi se ne intende.Quel'e' la differenza tra le matrici blosum e pam per l'allineamento di sequenze?qual'e' la migliore?(in questo caso mi direte..dipende da cosa vuoi,mi potete quindi dire in quali casi l'una e' meglio dell'altra?)
graaaazie!
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2006 : 16:55:35
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Matrici PAM (Point Accepted Mutation)(Margaret Dayhoff 1978)
Due sequenze sono definite ad 1PAM di distanza se per convertire l’una nell’altra, c’è stata in media 1 mutazione “accettata” ogni 100 aa.
Utilizzando quindi tante coppie di sequenze ad 1 PAM di distanza, ci aspettiamo solo l’1% di differenze: a questo punto ricaviamo le frequenze di sostituzione attese di ciascuna coppia di aa. Abbiamo così costruito la matrice PAM1.
Matrici BLOSUM(Henikoff e Henikoff 1992)
Derivano, usando lo stesso metodo usato per quelle PAM, dalla banca dati BLOCKS contenente gli allineamenti delle regioni più conservate di famiglie di proteine.
Per ogni tipo di matrice BLOSUM si eliminano tutte le sequenze che hanno una percentuale di identità superiore ad una soglia.
quindi:
poco divergenti ---> molto divergenti
BLOSUM80 BLOSUM62 BLOSUM45
PAM1 PAM120 PAM250
Questo è quello che ti posso dire dato che non sono un bioinformatico......
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Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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Ugo
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Colleferro
29 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2006 : 22:25:32
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Le blosum e le pam sono delle matrici calcolate in maniera empirica per valutare la probabilità di sostituzione tra ogni coppia di aminoacido nei vertebrati.
La differenza principale é che tutte le PAM sono ricavate moltiplicando una matrice iniziale (la PAM1), mentre le BLOSUM vengono calcolate empiricamente una ad una, prendendo dei blocchi di sequenze ad una fissata distanza genetica (es. nelle blosum80 si prendono solo sequenze identiche all'80%, con 20 mutazioni ogni 100 bp).
Non credo che ci siano dei motivi validi per preferire le une o le altre.. considera che sono matrici molto vecchie (almeno 10 o 20 anni), che sono ricavate su dati molto generici, e che al giorno d'oggi vengono applicate per confrontare sequenze di batteri così come sequenze umane o di genoma mitocondriale.
In parole povere, sono solo degli standard.. non è detto che abbiano un significato biologico corretto, specie in ogni situazione.
L'ideale sarebbe di costruirsi delle matrici apposite per l'organismo o i gruppi di individui che si stanno studiando... ma questo è abbastanza complicato e soprattutto rende più difficile confrontare i risultati.
Quello che devi imparare ad usare, però, è l'indice delle matrici: fai prima un allineamento globale con lalign, prendi il punteggio di identità (non di similarità), e dividilo per la lunghezza media delle sequenze (non occorre faree calcoli precisi).
In base a questo, scegli la BLOSUM con indice più simile (es. se ti viene 80, prendi una blosum80), oppure, una PAM equivalente (considerando che le pam crescono in maniera inversamente proporzionale alle blosum, ossia le pam 250 sono simili alle blosum45 e le pam120 simili alle blosum80). |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2006 : 10:18:05
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utilissime risposte!!grazie a tutti! <grazie GM per il consiglio sulle matrici da lalign!> |
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