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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittā: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 25 maggio 2010 : 09:17:19
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Ecco qua un grafo dei miei risultati di target prediction sui miRNA (le tre "supernove"). Le altre "stelle" sono i relativi geni target le cui dimensioni e colori sono proporzionali allo score di interazione tra la relativa 3'-UTR e il miRNA maturo.
Con un grossolano fotoritocco con Gimp si possono ottenere immagini tipo questa...
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Iside
Utente Attivo
Cittā: Napoli
1375 Messaggi |
 Inserito il - 25 maggio 2010 : 09:58:05
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| wow! |
...we're just two lost souls swimming in a fishbawl...year after year...
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 maggio 2010 : 11:02:21
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| bello... ma per il resto, odio Cytoscape con tutto il mio cuore: é un software instabile scritto in Java, e per ricevere una risposta dagli autori bisogna aspettae mesi |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Cittā: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 25 maggio 2010 : 11:38:16
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Bella davvero: bravo Korda!
PS: Ho modificato le dimensioni dell'immagine, lasciando il link a quella originale. |
MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittā: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 25 maggio 2010 : 17:35:25
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
bello... ma per il resto, odio Cytoscape con tutto il mio cuore: é un software instabile scritto in Java, e per ricevere una risposta dagli autori bisogna aspettae mesi
Condivido in pieno, pero' indubbiamente CytoScape e' molto "coreografico" (fare le stesse cose in R credo sia fattibilissimo, ma da strapparsi i capelli per un niubbo come me ) ... |
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chick80
Moderatore
Cittā: Edinburgh
11491 Messaggi |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittā: Monza
1303 Messaggi |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittā: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2010 : 09:36:55
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Ho spulciato un bel po' la documentazione del package ma non ho trovato nulla a riguardo di come fissare una distanza minima tra i nodi (in termini di visualizzazione intendo)
Se puo' tornare utile questo e' un semplice script che avevo fatto per disegnare grafi della Gene Ontology.
Allegato:  GO_graph.tar.gz
7,43 KB |
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Inserito il - 01 giugno 2010 : 18:03:22
