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SerenaS
Utente Junior
211 Messaggi |
 Inserito il - 04 ottobre 2008 : 12:35:58
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Spero mi possiate schiarire unpò le idee
Nella scoperta del gene responsabile della Corea di Huntington, si utilizzò una sonda che era polimorfa per un sito di restrizione Hind III:Questa sonda corrispondeva ad una determinata regione genomica che presenta 7 siti di restrizione Hind III di cui 2 sono polimorfi all'interno della popolazione e quindi permisero di distinguere 4 diversi aplotipi all'nterno delle 3 famiglie che vennero analizzate.
Non capisco come può essere che una sonda polimorfa per un sito di restrizione Hind III sia in grado di riconoscere una regione genomica con 2polimorfismi per lo stesso enzima e come questo abbia potuto dare origine a 4 aplotoipi.
Correggetemi se sbaglio:
il DNA degli individui delle famiglie che si analizzano viene trattato con enzima di restrizione Hind III, si effettua il Southern e poi l'ibridazione con la sonda che sappiamo essere polimorfa per un sito di restrizione di Hind III.
Quindi...cosa c'entra il fatto che la sonda è polimorfa per un'unico sito di nrestrizione con il fatto che invece il frammento genomico corrispondente alla sonda abbia 2siti polimorfi per HindIII?
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SerenaS
Utente Junior
211 Messaggi |
Inserito il - 04 ottobre 2008 : 13:02:36
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In defiinitiva, perchè è stata utilizzata una sonda polimorfa?
Voi mi direte, per poter identificare diversi aplotipi nella popolazione.
Ma perchè allora la sonda era polimorfa per un sito di restrizione Hind III?
Non doveva essere semplicemente una sonda (corrispondente ad un frammento di Dna genomico) e che ha anch'essa i 7 siti di restrizione come un normale frammento genomico corispondente alla regione da essa identificata? |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 04 ottobre 2008 : 21:13:46
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Citazione:
Messaggio inserito da SerenaS
[red]Spero mi possiate schiarire unpò le idee
Nella scoperta del gene responsabile della Corea di Huntington, si utilizzò una sonda che era polimorfa per un sito di restrizione Hind III:Questa sonda corrispondeva ad una determinata regione genomica che presenta 7 siti di restrizione Hind III di cui 2 sono polimorfi all'interno della popolazione e quindi permisero di distinguere 4 diversi aplotipi all'nterno delle 3 famiglie che vennero analizzate.
Allora.... sei un po' confusa onestamente,ma scavando nei meandri del mio ippocampo ricordo che un esempio del genere l ho studiato anch io.
Innanzitutto non e' la sonda che e' polimorfa ma sono i siti di restrizione polimorfici RFLP e questi baldi giovani dovevano fare un clonaggio posizionale per localizzare il gene responsabile della HC,non credo che abbiano usato la pololazione poiche' l analisi sarebbe molto piu' difficolosa.....da quello che ricordo usavano le famiglie,e in quella famiglia tagliava 7 volte in quella regione dando origine a 4 aplotipi..venivano visualizzati mediante southern ma non credo che interessi piu' di tanto,una volta costruito l albero genealogico andarono a vedere qual era l aplotipo associato alle persone affette? e fu cosi' che trovarono l aplotipo associato alla malattia e in questa maniera potevano analizzare anche aplotipi di persone che ancora non avevano riscontrato la malattia in quanto si manifestava dopo la maturita' sessuale e quindi in eta' adulta
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SerenaS
Utente Junior
211 Messaggi |
Inserito il - 04 ottobre 2008 : 21:18:54
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Caro Patrizio
Sì è ESATTAMENTE COME DI CI TU.. E COME SCRIVO IO SOPRA, NON SI TRATTA DI POLPOLAZIONE, MA VENNERO ANALIZZATE 3 DIVERSE FAMIGLIE.
Volevo solo capire che ti po di sonda era stata utilizzata.Sui miei appunti trovo una sonda polimorfa per un sito di restrizione Hind III.
Quello che non mi torna è il perchè questi ricercatori hanno utilizzato una sonda polimorfa per un sito di restrizione Hind III.
Non sarebbe dovuta essere una normale sonda genomica senza alcun sito polimorfo? |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 04 ottobre 2008 : 21:29:14
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hai studiato il clonaggio posizionale?
ora...lasciamo stare le tre famiglie e concentriamoci su una
Quindi,non e' la sonda che e'polimorfa.....la sonda non e' altro che una sequenza single strand di DNA marcata che ti permette di identificare i polimorfismi che in questo caso sono stati generati dal taglio con HINDIII sul genoma dei membri della famiglia,se poi vuoi il nome della sonda...be non lo so,ma cosa importa?
L utilizzo di Hind III e' stato un caso....magari prima hanno usato BamHI poi EcoRI poi pst1 etc...usando anche chissa' quante sonde diverse fino a quando non hanno trovato quella giusta, che dava un aplotipo associato ai portatori dell HC
piu' di cosi' non so come spiegartelo |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 04 ottobre 2008 : 21:32:29
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poi se avessero utilizzato una sonda che non dava alcun segnale di polimorfismi...come avranno fatto tra l altro,perche' non sara' stato facile identificare il locus malattia,ma assumento che avessero usato solo queste sonde,che informazioni avrebbero ottenuto secondo te?...pensaci |
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SerenaS
Utente Junior
211 Messaggi |
Inserito il - 05 ottobre 2008 : 09:42:33
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Ok ok. ci sono.
Grazie mille.
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Corea di Huntington
