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drosophila
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 Inserito il - 14 ottobre 2008 : 12:03:18
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ragazzi è un esempio di esercizio che mi richiederà per il 24 ottobre.
mi aiutereste ad accendere una lampadina in più nel mio cervello che si rifiuta di capire?
Vi prego ci tengo tanto a capire questo esercizio sono giorni che mi ci metto ma mi sa che sono negata...
grazie a tutti...
Si consideri la sequenza in banca dati nucleotidica con accession number:
NM_001018333
Indicare la sequenza scelta. Riportare il testo. Discutere dettagliatamente i dati osservati ed indicare per ciascuna sequenza almeno le seguenti informazioni:
E) di che sequenza si tratta?
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;
F) A quale organismo appartiene la sequenza?
G) Indicare se si tratta di una sequenza del genoma (#65533; ), di mRNA (#65533; ), di una #65533;coding sequence#65533; ( ) .
H) Quanto e#65533; lunga la sequenza?
I) Quale e#65533; la lunghezza del tratto codificante, se presente.
J) Quale e#65533; la lunghezza della 3#65533; UTR, se presente.
K) Quale e#65533; la lunghezza della 5#65533; UTR, se presente.
L) Da un#65533;analisi della sequenza proteica codificata#65533; dalla sequenza nucleotidica individuata (se presente spiegate la procedura o le procedure utilizzate per identificarla), potete dedurre altre informazioni? Quali?
N) Si analizzi la sequenza seq1 con almeno due dei Programmi del Pacchetto BLAST discussi durante il corso. Giustificare la scelta dei programmi.
Si discutano dettagliatamente i risultati piu#65533; significativi secondo quanto imparato al corso.
In particolare si risponda almeno alle seguenti richieste:
O) si definiscano gli accession number di almeno 4 sequenze con allineamento significativo e score distinto. Discutere i dati mostrati
P) Si indichino per ciascuno dei 4 allineamenti la rispettiva lunghezza, il numero di identita#65533;, similarita#65533; e gap (se possibile). Discutere i risultati mostrati
Q) Date le seguenti indicazioni prese da una banca dati:
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; mRNA#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; join(197092..197222,199657..199733,213889..213990,
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; 215186..216022,216121..218031,218100..219116,
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; 219216..>221420)
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /gene="ZNF275"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /product="zinc finger protein 275"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /note="Derived by automated computational analysis using
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; gene prediction method: GNOMON. Supporting evidence
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; includes similarity to: 3 mRNAs, 82 ESTs"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /transcript_id="XM_001082824.1"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /db_xref="GI:109132684"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /db_xref="GeneID:695012"
#65533;#65533;#65533;#65533; gap#65533;#65533;#65533;#65533; #65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;197741..197984
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /estimated_length=244
#65533;#65533;#65533;#65533; CDS#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; join(199703..199733,213889..213990,215186..216022,
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; 216121..216185)
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /gene="ZNF275"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /codon_start=1
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; #65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;/product="zinc finger protein 275"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /protein_id="XP_001082824.1"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /db_xref="GI:109132685"
#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533;#65533; /db_xref="GeneID:695012"
Si indichi:
Q.1) se si tratta di una sequenza del genoma (#65533; ), di mRNA ( ), di una #65533;coding sequence#65533; ( ) , o altro; Perche#65533;?
Q.2) Quanto e#65533; lunga, se presente, la regione codificante?
Q.3) Quanti, se presenti, gli introni?
Q.4) Quanto e#65533; lunga se descritta la 5#65533; UTR della sequenza?
Q.5) Quanto e#65533; lunga se descritta la 3#65533; UTR della sequenza?
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Sequenza nucleotidica in banca dati
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Inserito il - 14 ottobre 2008 : 20:17:38
