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alexct82
Nuovo Arrivato

Prov.: ct
Città: catania

26 Messaggi

Inserito il - 16 ottobre 2008 : 12:53:55

Ciao a tutti..
Ho un quesito da farvi sulla ChIP. Quando dopo il cross-linking della cromatina uso l'anticorpo, questo riconosce anche proteine non direttamente legate al DNA, ma che si assemblano insieme a quelle legate direttamente?
Grazie a chiunque mi potrà aiutare.

Giuliano652
Moderatore

Prov.: Brescia

6941 Messaggi

Inserito il - 16 ottobre 2008 : 13:28:46

L'anticorpo lega indistintamente il suo epitopo, sia se la proteina è legata, sia se non lo è, però alla fine tu fai un gel per amplificare il DNA, quindi hai selezionato soltanto le proteine legate al DNA durante i vari passaggi (che poi elimini per avere i frammenti di DNA soltanto), quindi, che problema c'è?

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alexct82
Nuovo Arrivato

Prov.: ct
Città: catania

26 Messaggi

Inserito il - 17 ottobre 2008 : 12:23:23

No la mia domanda era un altra. Io sto cercando una proteina che reprime la trascrizione legandosi e bloccando un'altra proteina (attivatore), direttamente legata al DNA. Posso evidenziare comunque la proteina repressore?

Giuliano652
Moderatore

Prov.: Brescia

6941 Messaggi

Inserito il - 20 ottobre 2008 : 08:59:37

Con la ChIP vai a vedere solo le parti di DNA legare ad una proteina, quindi se la proteina che ti interessa non è legata in alcun modo al DNA no. Credo però che si possa provare se la proteina che cerchi lega il DNA tramite un'altra proteina, perché così comunque un insieme di acidi nucleici e proteine ce l'hai comunque. Però per scrupolo forse farei un controllo con gli anticorpi contro la proteina direttamente legata al DNA giusto per confrontare i risultati