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ameliap
Nuovo Arrivato
32 Messaggi |
 Inserito il - 06 novembre 2008 : 19:06:02
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Ciao a tutti,
e grazie che mi date modo di colmare sempre e velocemnete tutte le mie lacune!
questa volta vorrei sapere se ci sono dei codoni specifici implicati nella formazione del cappio durante lo splicing. Ho trovato facilmente i codoni di inizio, stop e le caratteristiche basi di inizio e fine introne (non sapevo che ci fossero! ignorantissima...) ma nulla per quel che concerne il cappio. Anche in questo caso esistono?
ciaoo 
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
 Inserito il - 07 novembre 2008 : 02:04:29
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| nn è propio un codone ben preciso cmq si parla di "sequenza di ramificazione",sarebbe una sequenza centrale dell introne dove si trova una base che in genere è una A che presenta il gruppo ossidrile iniziatore della prima trans-esterificazione |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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ameliap
Nuovo Arrivato
32 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2008 : 14:51:26
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grazie zerhos,
quindi non posso contrllare in modo preciso se ho dei polimorfismi in
una zona che può essere implicata nello splicing, giusto?
usado DNA genomico posso vedere se ho nella mia seq i codoni di inizio e terminazione ma nulla per quel che concerne lo splicing...peccato...
ciao |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2008 : 18:39:09
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secondo te perche' non puoi vedere i polimorfismi nelle regioni introniche delle sequenze coinvolte nello splicing?...immagino intendi polimorfismi a singolo nucleotide(eppure non e' detto)
Hai studiato i siti accettori e donatori di splicing?
...come nulla che concerne lo splicing ??? |
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2008 : 18:02:05
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aspetta
dipende molto se tu cnsideri lo splicing autocatalitico o quello catalizzato
perchè ovviamente lo splicing autocatalitico per il fatto stesso che autopromuove la rimozione dell introne,dovrà presentare una sequenza altamente conservata e quindi potresti trovare dei plimorfismi
se tu consideri invece lo splicing catalizzato,dal momento che sn le proteine che catalizzano la reazione,le sequenze nn sono conservate quindi nn credo puoi trovare nulla di caratteristico,apparte ovviamente il sito accettore e donatore di splicing |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2008 : 20:39:06
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Si si …io aspetto,
visto che ameliap ha parlato di lariat escludiamo quelli auto catalitici del gruppo I,rimangono quindi quelli del gruppo IIe i pre-mRNA catalizzati dagli SNURPS.
Hai detto una cosa che mi ha fatto male allo stomaco…
Citazione:
Messaggio inserito da zerhos
se tu consideri invece lo splicing catalizzato,dal momento che sn le proteine che catalizzano la reazione,le sequenze nn sono conservate quindi nn credo puoi trovare nulla di caratteristico,apparte ovviamente il sito accettore e donatore di splicing
ti riporto la definizione di consensus:
In biologia molecolare e bioinformatica una sequenza consensus è una
sequenza nucleotidica o aminoacidica conservata tra due sequenze omologhe deputate a una medesima funzione
BASTEREBBE UNA E DICO UNA MUTAZIONE SULLE CONSENSUS e lo splicing va a quel paese!! …ci sono le matrici per cercare le sequenze conservate negli introni e come !!! ora vi diro’ un nome e mi auguro che non sia la prima volta che lo leggete
YNCURAY !!!!
ma ce ne sono altre....
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ameliap
Nuovo Arrivato
32 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2008 : 11:19:28
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ciao,
ho studiato i siti accettori e donatori di splicing e anche la branch consensus ma il mio polimorfismo non ne fa parte. può darsi che sia solo un polimorfismo non causale come ce ne sono tanti.
grazie a tutti |
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