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Autore

Discussione

saras
Nuovo Arrivato

Citt�: como

27 Messaggi

Inserito il - 21 novembre 2008 : 20:50:47

ciao a tutti
qualcuno potrebbe consigliarmi dei corsi o libri per imparare al meglio l'utilizzo dei browser genomici come UCSC o ENSEMBL?
grazie

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 29 novembre 2008 : 20:47:26

Non � che ci sia molto da imparare.. cosa ti serve sapere esattamente?
Prova a dare una occhiata alle discussioni su questo argomento [http://www.molecularlab.it/forum/search.asp?q=libri+bioinformatica], sicuramente ognuno di essi ne spiega qualcosa.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 30 novembre 2008 : 11:34:59

La "moda" corrente nel nostro lab e' quella di usare UCSC piuttosto che ensEMBL: dicono che sia piu' affidabile... mah... effettivamente nel mio progetto ho notato che piu' del 10% degli ensEMBL transcript di cui ho bisogno non sono piu' mantenuti sull'ultima release (50) ed e' gia' piu' di due settimane che attendo chiarimenti dall'helpdesk del Sanger-Institute.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 30 novembre 2008 : 12:59:36

Citazione:
Messaggio inserito da kORdA

La "moda" corrente nel nostro lab e' quella di usare UCSC piuttosto che ensEMBL: dicono che sia piu' affidabile...

immagino dipenda anche da cosa devi fare

Citazione:
mah... effettivamente nel mio progetto ho notato che piu' del 10% degli ensEMBL transcript di cui ho bisogno non sono piu' mantenuti sull'ultima release (50) ed e' gia' piu' di due settimane che attendo chiarimenti dall'helpdesk del Sanger-Institute.

E se fossero stati cancellati perch� sbagliati?
Hai ragione comunque, anche io non mi fido molto delle predizioni di ortologia di ensembl.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 30 novembre 2008 : 13:33:56

Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm

Citazione:
Messaggio inserito da kORdA

[quote]mah... effettivamente nel mio progetto ho notato che piu' del 10% degli ensEMBL transcript di cui ho bisogno non sono piu' mantenuti sull'ultima release (50) ed e' gia' piu' di due settimane che attendo chiarimenti dall'helpdesk del Sanger-Institute.
E se fossero stati cancellati perch� sbagliati?
Hai ragione comunque, anche io non mi fido molto delle predizioni di ortologia di ensembl.

guarda, ti diro'... a me pare ci sia qualche problema di coerenza. Il dataset aggiornato dei trascritti che utilizzo proviene dagli ensembl transcript predetti per un determinato miRNA e pubblicati su miRBase (che guardacaso e' un DB che viene mantenuto sempre dal Sanger, come ensembl). Solo che ensembl e' alla release 50, mentre miRBase ho scoperto che e' stato allestito con la release 46 (o meglio il 100% dei trascritti li ritrovo utilizzando la release 46).