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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 04 dicembre 2008 : 09:09:40
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Ciao a tutti,
sono andato sul sito di Taverna e l'ho trovato molto molto interessante, ma non ho capito bene
di cosa si tratta, se c'è qualcuno che lo usa me lo spiegherebbe in due parole?
grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2008 : 10:27:12
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Citazione:
Messaggio inserito da RNA world
Ciao a tutti,
sono andato sul sito di Taverna e l'ho trovato molto molto interessante, ma non ho capito bene
di cosa si tratta, se c'è qualcuno che lo usa me lo spiegherebbe in due parole?
grazie
Il principio dietro a taverna e' quello che ogni analisi bioinformatica deve essere fatta con tool disponibili online, in modo da essere riproducibile.
Ovvero, se tu vuoi fare un qualsiasi 'esperimento' bioinformatico, devi rendere tutti gli script che hai utilizzato disponibili come servizi web (...) e cercare di riutilizzare il piu' possibile quelli gia' esistenti.
Essenzialmente puoi usare taverna per costruire un workflow cliccando con il pulsante destro sui vari servizi e giocando con il programma... non e' troppo difficile da imparare.
Se hai dubbi e vuoi fare qualche esperimento, ti consiglio di dare una occhiata ai workflow gia' esistenti postati su http://www.myexperiment.org oppure di chiedere qui sul forum. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2008 : 16:46:47
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Citazione:
Se hai dubbi e vuoi fare qualche esperimento, ti consiglio di dare una occhiata ai workflow gia' esistenti postati su http://www.myexperiment.org oppure di chiedere qui sul forum.
Ciao,
sono andato sul sito ma non ho capito bene di cosa si tratta, potresti farmi un esempio pratico applicato ad esempio ad una semplice ricerca bioinformatica?
grazie |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2008 : 19:10:20
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Citazione:
Messaggio inserito da RNA world
Citazione:
Se hai dubbi e vuoi fare qualche esperimento, ti consiglio di dare una occhiata ai workflow gia' esistenti postati su http://www.myexperiment.org oppure di chiedere qui sul forum.
Ciao,
sono andato sul sito ma non ho capito bene di cosa si tratta, potresti farmi un esempio pratico applicato ad esempio ad una semplice ricerca bioinformatica?
grazie
In teoria e' un repository di workflows di bioinformatica.
Generalmente in bioinformatica si ha a che fare con tanti programmi contemporaneamente: script che scaricano dati, altri che convertono diversi formati, altri che calcolano risultati, etc..
Per questo motivo, vi sono diversi metodi per coordinare insieme vari scripts: c'e' makefile, taverna, kepler, tanti altri.
Il sito myExperiment si propone di essere un luogo dove sia possibile caricare e riutilizzare workflows scritti da altre persone.
Immagina di scrivere un workflow che scarichi una serie di proteine da ensembl e ne calcoli la percentuale di CG.
Potresti andare su myExperiment e vedere se qualcuno ha gia' postato un workflow del genere, e nel caso riutilizzarlo.
Oppure, potresti scrivere tu il programma e poi postarlo sul sito. In questo modo, altre persone lo vedrebbero, e potrebbero darti suggerimenti o segnalarti errori.
In realta', per la mia opinione personale, myExperiment non e' ancora pronto per ospitare workflows riutilizzabili.
Mancano alcune cose: tra tutte, il supporto alle unita' di test (ovvero, non c'e' maniera di affermare scientificamente che qualsiasi dei workflows postati li' funzioni veramente, o piu' precisamente non c'e' supporto per le unita' di test che permettono di dimostrare questo).
Pero' e' comunque un sito molto interessante da frequentare, perche' puoi vedere come certi problemi vengono affrontati e scambiare opinioni con altre persone. |
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chick80
Moderatore
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2008 : 19:43:37
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Beh dipende... come fai a fare il debug su un dataset di 650.000 SNPs o su una sequenza di 3*10^9 basi?
Se scrivi delle unita' di test, inoltre, e' molto piu' facile confrontare risultati di diversi esperimenti, e anche capire dove ci siano errori e individuare risultati sbagliati.
E' lo stesso discorso che si fa per i controlli e le calibrazioni in un esperimento tradizionale. Non e' possibile progettarli in maniera da sapere tutto ed eliminare qualsiasi falso positivo/etc, e se li progetti male possono essere inutili; pero' nemmeno e' possibile farne a meno.
L'articolo che hai postato e' stato scritto da un programmatore di professione, ma non da un bioinformatico :); ovvero, l'approccio al lavorare su dati biologici e' differente da quello nella scrittura di un software, e i test hanno un significato diverso.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2008 : 20:36:27
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| Sì, ma quando dai il tuo tool in mano a un utente devi considerare che non lo userà necessariamente nel modo in cui tu hai previsto... è questo il punto centrale di quell'articolo |
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2008 : 23:56:19
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La scrittura di un software commerciale e un esperimento scientifico che utilizza tool bioinformatici sono problemi diversi.
Generalmente in bioinformatica l'utente é lo stessa persona che scrive un programma (uno script).
Se scrivo una serie di programmi e con questi pubblico un articolo in cui dico che lo splicing alternativo é un fenomeno più abbondante in S. cerevisiae che in H.sapiens, devo dimostrare che gli scripts che ho scritto funzionano, e che non ci siano errori di programmazione banali.
Immagina, per esempio, che un giorno ci rendiamo tutti conto che blast ha un errore di implementazione, per cui i suoi risultati sono sbagliati. Ti piacerebbe dover ripetere tutti gli esperimenti fatti fino ad adesso?
In ogni caso, non sono molto d'accordo su quello che dice l'autore dell'articolo. E' troppo semplice dire 'i test non servono a niente' e ricevere consensi. Però, io non utilizzerei mai un programma sapendo che non é stato testato accuratamente, perché non potrei mai essere sicuro che funzioni, e nel caso, non potrei mai capire perché non funziona. Tu ti fideresti di un western blot fatto senza i controlli e senza calibrazione degli strumenti? |
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
Inserito il - 11 dicembre 2008 : 07:58:51
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L'autore non dice quello e lo specifica benissimo.
L'autore dice che quando rendi un programma pubblico è sì ok fare dell'unit testing (vedi a riguardo il post linkato nell'ultimo paragrafo), ma se ad es. tu fai un software che prende delle sequenze di DNA da un DB online ci sono delle cose da testare che non puoi fare con l'unit testing. Che succede se l'utente in un campo dove va un numero ci mette una stringa? Che succede quando richiede 500 sequenze tutte insieme? Che succede quando fa andare il programma mentre sta facendo uno scan con il suo antivirus? Queste sono cose che si scoprono col beta testing, non con l'unit testing.
Il suo punto è che spesso alcuni programmatori si limitano a un veloce unit test e rilasciano il pacchetto senza PROVARLO. Prova uno qualsiasi dei software che ti vendono insieme a un microscopio confocale. Sono tutti strapieni di bug che non dovrebbero essere lì in primo luogo.
Ma stiamo andando un po' troppo off-topic :) |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 11 dicembre 2008 : 11:10:36
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grazie... quello che interessava a me era sapere se taverna e' utilizzabile per ricerche bioinformatiche (piuttosto sempliciotte rispetto quello che fate voi secondo me) applicate ad uno che si occupa di biochimica.
ciao! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 11 dicembre 2008 : 11:55:46
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Di niente :)
Mi sa che e' vero che siamo andati un po' off-topic.
Questa sera (quando ho tempo) splitto le due discussioni su taverna/myexperiment e sulle eUtils, ok? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2008 : 11:29:49
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Io non ho ancora capito come posso utilizzare taverna per delle semplici ricerche bioinformatiche, ovvero, i workflow sono praticamente delle istruzioni per cui, ad esempio data una sequenza nucleotidica, ti fa delle analisi prestabilite dal workflow, giusto?
grazie |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2008 : 12:08:12
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Secondo me ti conviene scaricare il programma taverna e provare a utilizzarlo direttamente... ci vuole meno tempo a capirlo in questo modo che a spiegarlo a parole.
E' come un puzzle - tu hai tanti piccoli servizi che eseguono compiti specifici (come lanciare blast, cambiare il formato di una sequenza, interrogare un database) e li devi mettere assieme in modo da ottenere un protocollo.
Se poi vai sull'altro sito, myexperiment, trovi dei workflow fatti da altre persone, che ti possono servire da esempio.
Se ho tempo provo a scrivere un piccolo tutorial su come utilizzare taverna e myexperiment. |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2008 : 15:30:14
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grazie, infatti l'avevo installato, solo che mi sembrava un programma per modificare immagini più che per fare esperimenti...
ci guardo meglio magari.
ciao |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2008 : 10:07:50
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
...Che succede se l'utente in un campo dove va un numero ci mette una stringa? Che succede quando richiede 500 sequenze tutte insieme?
Quello si chiama ragionare bene alla progettazione e fare una efficiente gestione delle eccezioni, cosa che porta via piu' tempo che scrivere codice che faccia effettivamente cio' che deve fare (almeno, questa e' l'esperienza che sto facendo).
Interessante questa cosa delle test units, mi piacerebbe approfondirla... di che si tratta in realta'? Di fare debug sul codice in se' o di allestire dataset ottimali che prevedano e/o contemplino tutto cio' che potrebbe arrivare come input? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2008 : 10:21:02
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Citazione:
Quello si chiama ragionare bene alla progettazione e fare una efficiente gestione delle eccezioni, cosa che porta via piu' tempo che scrivere codice che faccia effettivamente cio' che deve fare (almeno, questa e' l'esperienza che sto facendo)
Ti assicuro... non sai mai cosa passa nella testa dell'utente... a volte è difficile pensare a tutte le possibili eccezioni che possono capitare. Soprattutto se il codice deve essere pronto ieri... E' a quello che serve il beta testing.
Citazione:
Interessante questa cosa delle test units, mi piacerebbe approfondirla... di che si tratta in realta'? Di fare debug sul codice in se' o di allestire dataset ottimali che prevedano e/o contemplino tutto cio' che potrebbe arrivare come input?
No, in pratica diciamo che tu hai una funzione che dati certi input restituisce determinati output.
Un'unit-test è un software che in automatico controlla che questo avvenga correttamente.
CodeProject ha una serie di spiegazioni a riguardo. La prima parte è qui:
http://www.codeproject.com/KB/cs/autp1.aspx |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2008 : 11:49:08
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Citazione:
Quello si chiama ragionare bene alla progettazione e fare una efficiente gestione delle eccezioni, cosa che porta via piu' tempo che scrivere codice che faccia effettivamente cio' che deve fare (almeno, questa e' l'esperienza che sto facendo)
Ti assicuro... non sai mai cosa passa nella testa dell'utente... a volte è difficile pensare a tutte le possibili eccezioni che possono capitare. Soprattutto se il codice deve essere pronto ieri... E' a quello che serve il beta testing.
uff... mi sa che splittero' pure questa discussione.. vediamo se faccio altri disastri :)
Guarda che quello che dici tu essenzialmente si puo' fare con il testing.
Conosco una persona che e' l'incarnazione vivente dei casi d'uso, che mi ha spiegato che puoi scrivere un programma che mimi tutte le azioni che hai citato, utilizzando librerie come LWP/WWW::Mechanize in perl o webbrowser in python, e cosi' via.
Ci sono anche delle suites di testing gia' preparate, per php non ti so dire come si chiamino ma immagino che ve ne siano parecchie gia' pronte.
Alcune di queste si utilizzano semplicemente dando l'indirizzo web della pagina da analizzare come input, e queste provano automaticamente tutte le opzioni che un utente potrebbe fare - inserire xss, o stringhe sbagliate, etc..
Oppure puoi definire quale sia l'output che ti aspetti da ogni azione (e.g. il risultato di una ricerca, etc..) e la suite di testing provvedera' a verificare tutti i pasticci che un utente potrebbe commettere, automaticamente.
Insomma questo e' un campo molto vasto, che secondo me merita di essere approfondito.
Ci sono tanti moduli gia' disponibili e utilizzabili gratuitamente (per fortuna che esiste la GPL), vale la pena di utilizzarli.
Citazione:
Interessante questa cosa delle test units, mi piacerebbe approfondirla... di che si tratta in realta'? Di fare debug sul codice in se' o di allestire dataset ottimali che prevedano e/o contemplino tutto cio' che potrebbe arrivare come input?
Secondo me, visto che usi python, ti conviene iniziare con doctest:
- http://docs.python.org/library/doctest.html
Avrai pero' bisogno quasi subito di un framework piu' complesso, come unittest.
Io avevo preparato una piccola presentazione su doctest la settimana scorsa (auto-spam  ) vedi se ti puo' interessare:
- http://bioinfoblog.it/2008/12/biopython-doctest-and-makefiles-slides-uploaded/ (slide 8 o 9) |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 21 dicembre 2008 : 10:08:41
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ciao a tutti,
allora ho provato a smanettare un pò su taverna, ma non capisco dove si possano inserire i workflows, cioe' a me sembra un programma per mostrare delle slides tipo power point... dove sbaglio?
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 dicembre 2008 : 12:12:04
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Scaricati taverna 2.0 (rilasciato uno o due giorni fa)
Clicca su 'Nuovo Input' e 'Nuovo Output'
Nella lista dei processori, selezionane uno a caso e trascinalo sulla finestra dei workflows, funche' non rimarra' attivo
Clicca su un input, tieni premuto e ti dovrebbe apparire una freccia; trascina la freccia sul processore che hai aggiunto
e cosi' via, una volta che ci hai preso la mano puoi fare cose piu' complesse |
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