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Autore

Discussione

fpotpot
Utente

Città: middleofnowhere

1056 Messaggi

Inserito il - 03 febbraio 2006 : 12:28:22

Salut!

se ho una sequenza di mRNA retrotrascritto in cDNA in basi ACGT,come faccio a vedere che possibile folding in 3D avrà usando qualche prog in internet tipo su ncbi?o altri siti di libero accesso?
So che è domanda banale ma non lo so fare.

Gracie mille a chi risponderà!!!

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Città: London

238 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2006 : 09:46:26

Ciao,
fammi capire: vuoi sapere la struttura di un cDNA che si genera da un mRNA?
Non credo sinceramente esistano programmi di predizione di struttura per il semplice fatto che il cDNA è DNA è può assumere solo determinate conformazioni!
Ciao ciao

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2006 : 22:37:47

Se lo chiedevi nella sezione di bioinformatica ti rispondevamo subito! ;)
Hai la seq. del tuo RNA (per ottenerla hai sequenziato il cDNA) e vuoi sapere che struttura possiede.
L'algoritmo classico e' quello di Nussinov (http://ludwig-sun2.unil.ch/~bsondere/nussinov/).
Se cerchi con google/teoma puoi trovare tanti tools per quello che cerchi; Potresti anche tentare un simil-threading con RNABASE (http://www.rnabase.org).

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 07 febbraio 2006 : 00:40:12

Spostato in bioinformatica...

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fpotpot
Utente

Città: middleofnowhere

1056 Messaggi

Inserito il - 09 febbraio 2006 : 19:07:25

ci ho messo tre ore a ritrovare il mio mess..che avete spostato

(si lo so mi viene svcritto via mail ma non le leggo mai quelle mail..mannaggia a me..)
Grazie GM!!!
ora ci provo...