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bettapili
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 15 dicembre 2008 : 13:52:34
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BioEdit, un programma che ho adorato ma anche spesso detestato.
Beh, ultimamente lo odio.
Qualcuno mi può consigliare come importare le sequenze pubblicate su GenBank? Sino alla settimana scorsa lo facevo con Bioedit ma improvissamente non riesco. Non sono un'esperta di bioinformatica ma ho imparato ad usare benino questo programma che mi è stato davvero utile.
Mi potete consigliare un altro programma per importare direttamente le sequenze da GenBank. E' così comodo peter confrontarle con le tue.....
Grazie a tutti
Elisabetta
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 15 dicembre 2008 : 14:45:22
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Spiegaci bene: in che senso non ci riesci?
Che errore/problema ti da?
Come lo facevi prima, e come lo fai adesso? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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bettapili
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2008 : 16:14:16
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| Beh, farlo non è difficile visto che nella versione che ho esiste l'opzione "retrieve sequence from genBank". Da due settimane non riesco ad importare nulla. Ho anche provato a eliminare il programma dal mio PC e inserirlo nuovamente, ma niente. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2008 : 16:34:44
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Purtroppo BioEdit non e' un programma opensource, per questo motivo e' molto difficile capire come comportarsi in casi di errori come questo, e non esiste nemmeno un bug tracker pubblico.
Come prima cosa dovresti inviare una mail agli sviluppatori informandoli del problema. Puo' darsi che non ti rispondano, ma e' tutto quello che puoi fare per contribuire al miglioramento del programma.
Inoltre non saprei esattamente come aiutarti su Windows... potresti spiegare esattamente che passaggi fai?
Per esempio:
- avvio bioedit
- clicco su File->Retrieve Sequences from Genbank-GenPept
- inserisco NC_007579.1, nucleotide, gi
- fino ad un paio di settimane fa questo funzionava, adesso non piu'.
Se ti puo' essere utile, esistono programmi migliori di BioEdit, e alcuni sono opensource, che significa che non avresti problemi del genere.
Per esempio, puoi provare jalview: http://www.jalview.org/
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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