L'AFLP č una tecnica per amplificare dna genomico, ottenendo come risultato un fingerprinting, ovvero una serie di sequenze amplificate di lunghezza variabile. Dopo aver tagliato con opportuni enzimi di restrizione il dna, si legano degli adattatori alle estremitā dei frammenti. A questo punto si fa una pcr pre-selettiva utilizzando dei primer che riconoscono gli adattatori e terminano con una base addizionale in 3': in questo modo vengono amplificate solo quelle sequenze che contengono in 5' la base complementare all'addizionale (ad esempio se il primer finisce con T si amplificheranno quelle sequenze che dopo l'adattatore cominciano con A) preselezionando in questo modo 1/4 delle sequenze di genomico ottenute dopo la restrizione. Per maggiori dettagli guarda il sito http://ravel.zoology.wisc.edu/sgaap/AFLP_html/fAFLP_Introduction.htm