allineamento globale di Needleman-Wunch

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Autore

Discussione

MariaR
Nuovo Arrivato

Prov.: BN
Città: Benevento

50 Messaggi

Inserito il - 13 gennaio 2009 : 11:46:23

ho cercato dappertutto e mi sento ignorante a non riuscir a capire l'argomento...allora ho capito che l'allineamento globale è un allineamento che risolve il problema di trovare l'allineamento migliore attraverso una programmazione dinamica procedendo per sottosequenze via via più lunghe e si riferisce ad un'intera sequenza. L'allineamento locale si riferisce all'allineamento migliore di una parte della sequenza, ad esempio somigliaza di domini proteici di proteine che hanno nella totalità, una diversa sequenza amminoacidica.

ma non riesco a capire come si fà la matrice di sostituzione...l'esempio dato dal prof delle sue sequenze è il seguente:
S = PAWHEAE
T = HEAGAWGHEE
ve ne sarei molto grata se riuscisse a spiegarmelo...

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 13 gennaio 2009 : 13:59:36

Citazione:
allora ho capito che l'allineamento globale è un allineamento che risolve il problema di trovare l'allineamento migliore attraverso una programmazione dinamica procedendo per sottosequenze via via più lunghe e si riferisce ad un'intera sequenza. L'allineamento locale si riferisce all'allineamento migliore di una parte della sequenza,

no, tutto sbagliato...

allineamento globale: allinei le due sequenze intere, dall'inizio alla fine, e vedi se combaciano
allineamento locale: trovi la sottosequenza che si allinea meglio nella seconda sequenza, come dici tu.

Entrambi i metodi possono essere implementati con un approccio di programmazione dinamica, o con qualsiasi altro.
In particolare, un algoritmo dinamico per l'allineamento globale e' quello di needleman e wunsch; ed uno per l'all. locale e' quello di Smith e Waterman.

Citazione:
ma non riesco a capire come si fà la matrice di sostituzione...l'esempio dato dal prof delle sue sequenze è il seguente:
S = PAWHEAE
T = HEAGAWGHEE

Le matrici di sostituzione si calcolano prendendo un database di sequenze per il quale sia possibile definire una distanza evolutiva (e.g. seq. che hanno la stessa lunghezza e solo una mutazione di differenza) e calcolando con quale frequenza ogni aminoacido viene mutato in ognuno degli altri.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

domi84
Moderatore

Città: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 13 gennaio 2009 : 14:08:25

MariaR, Forse fai ancora un po' di confusione. La matrice di sostituzione SOLITAMENTE non la fai tu (a meno che non segui quello che ha detto dallolio), ma sono degli standard:
http://www.dia.unisa.it/~ads/BIOINFORMATICA/BLAST/matrici_sostituzione.html
Poi prendi le sequenze da allineare:


 HEAGAWGHEE
P
A
W
H
E
A
E

e a seconda del valore che trovi nella matrice di sostituzione, li inserisci all'incrocio degli amminoacidi...


 HEAGAWGHEE
P0345...
A
W
H
E
A
E

(io qui li ho inventati...)

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...