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Aghena
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 Inserito il - 23 gennaio 2009 : 19:32:58
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Ciao a tutti!
non so se qualcuno conosce l'applicazione Bongo (BOnds On Graphs),
(disponibile al sito http://www.bongo.cl.cam.ac.uk/Bongo/)...
è un tool online che consente di predire gli effetti strutturali
derivanti dalla mutazione di un singolo amminoacido.
Quello che interessa a me riguarda l'anemia falciforme, non so infatti cosa inserire nel campo Chain ID e Residue number of the SNP... so infatti che c'è una mutazione nel residuo 6 (una valina sostituita da un acido glutammico) della catena beta ma non so collocarlo a livello di DNA.
Spero che qualcuno mi sappia aiutare.
Grazie a tutti
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dallolio_gm
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Inserito il - 23 gennaio 2009 : 21:06:50
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Apri il file .pdb con un qualsiasi visualizzatore come rasmol o pymol, e poi seleziona a mano il residuo che ti interessa studiare.
Il programma stesso ti indichera' di quale residuo si tratta, e su quale catena si trova.
Se hai dubbi, apri il pdb con un file di testo e capirai. Può darsi che vi sia solo una catena nella tua proteina, nel caso inserisci '-'. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Aghena
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2009 : 14:39:17
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Ok...tutto chiarissimo...grazie mile
....ora però mi manca l'SNP...dove posso cercarlo? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2009 : 15:40:12
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L'applicazione ti richiede di inserire il 'residue number of SNP'. Se hai detto che il tuo snp é in posizione 6, allora dovrebbe essere semplicemente '6'.
Per sicurezza io proverei ad inserire il codice pdb della tua proteina in http://www.pdb.org/pdb/home/home.do e vedere a quale SNP si riferisce la tua annotazione.
In ogni caso, sei tu che dici che vi é uno SNP nella posizione 6... devi controllare le referenze in base al quale affermi questo.
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Aghena
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2009 : 17:47:03
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...con il 6 ho già provato ma nulla...cmq ora vedo di fare come hai detto tu..spero di riuscire...Questo Bongo dovrebbe mettere le istruzioni per l'uso!!
Grazie ancora.Sei stato molto gentile
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domi84
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