Il farmacoforo (o modello farmacoforico) è il modello strutturale di base cui fare riferimento per una determinata classe di farmaci. Racchiude i caratteri strutturali indispensabili per avere una corretta interazione con il bersaglio terapeutico ed è la base da cui si parte per le modifiche volte a sintetizzare nuove molecole attive. A volte è possibile avere un farmacoforo senza conoscere la struttura del target, in questo caso ci si basa su considerazioni sulla struttura delle molecole già esistenti e di cui è nota l'efficacia, cercando di ricavarne le caretteristiche comuni e, mediante modificazioni selettive, di individuare i gruppi e le distanze fondamentali per l'attività della molecola.
"Chi rinuncia alla libertà per la sicurezza, non merita né la libertà né la sicurezza. E finirà col perdere entrambe."
Quindi nel caso in cui non si conosce la struttura del target io parto da molecole che so avere un'azione su di esso e sulla base dell'omologia nelle caratteristiche strutturali ricavo il mio modello di farmacoforo. Va bene?