quantizzazione fluorescenza confocale

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miguel84
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2009 : 01:05:18

ciao a tutti ,
scrivo per chiedere se qualcuno � esperto in quantizzazioni su immagini confocali..
ho un problema: da circa un annetto lavoro su di un LSCM leica e il software annesso ha moltissimi strumenti per fare misurazioni di intensit� di fluo e tanto altro, tuttavia nn riesco a trovare un metodo che mi consenta di quantizzare in maniera pi� precisa e comparabile la distribuzione del segnale di fluorescenza in 2 o + campi microscopici:
per es. prendendo 2 campi microscopici di stesso tessuto e stessa marcatura ma di 2 patologie differenti solitamente procedo assegnando una ROI(region of interest) quadrata con area = ai 2 campi.
Successivamente fisso una threshold = alle 2 immagini, e ottengo l'intensit� media di fluorescenza di tutta la regione con valori da 1 a 255(8 bit).
Questo metodo tuttavia mi d� valori di intensit� e basta, ma non info relative al numero di strutture da analizzare(per esempio astrociti GFAP positivi) e quindi la quantit� di segnale relativa al n. di strutture.........
sarei riconoscente se qualcuno riuscisse ad indirizzarmi su come fare ad fare quel tipo di quantizzazione..
grazie!!!

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2009 : 08:55:15

ImageJ ha tutti i tool che ti servono per analizzare le immagini del confocale... e anche di pi�! Legge anche i files lsm quindi non ci sono problemi.

Non ho capito bene pero' cosa dovresti fare... comparare il numero di cellule positive nei due campioni? Se stai cercando tool di conteggio automatici ancora una volta ImageJ ce li ha, ma dipende molto dallo staining, spesso contarli a mano � meglio (e ancora una volta, ci sono tools per il conteggio manuale in IJ)

Insomma, provalo e se hai altre domande chiedi pure: http://rsbweb.nih.gov/ij/

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