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posidonia
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4 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2009 : 20:01:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di posidonia Invia a posidonia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

Ciao a tutti volevo porvi un quesito: mi sono arrivati in laboratorio dei campioni (pesci batiali) la cui identificazione non è nota. Il problema è che sono in formalina e non riesco ad estrarre il DNA mitocondriale. L'aliquota di muscolo non si porta in soluzione e al momento dello step in fenolo cloroformio si interpone all'interfaccia. Ho provato a cambiare condizioni ma nulla...credo che il problema sia legato alla formalina...aiutooooo...si accettano tantissimi suggerimenti. Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2009 : 20:33:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Forse questo può esserti utile: Comparison of methods for extracting DNA from formalin-fixed paraffin sections for nonisotopic PCR.

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posidonia
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2009 : 20:51:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di posidonia Invia a posidonia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ti ringrazio ma questo lavoro lo avevo già visionato..purtroppo estraggono il DNA da campioni in paraffina..
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2009 : 21:14:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prova a dare un occhio a questi
http://www.dmacc.cc.ia.us/instructors/cmeckerman/formalin/Formalin_Fixed_DNA.htm
http://www.jhc.org/cgi/content/full/50/8/1005
http://jcp.bmjjournals.com/cgi/content/abstract/58/8/894?ck=nck
http://shiftingthroughscience.blogspot.com/2008/03/mollusc-dna-extraction-formalin.html

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posidonia
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2009 : 21:53:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di posidonia Invia a posidonia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ti ringrazio spulcio un pò di questa roba...poi ti faccio sapere...complimenti per il sito :)
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2009 : 22:29:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da posidonia

purtroppo estraggono il DNA da campioni in paraffina..

Includili in paraffina!!!
(scherzo!)
Il fatto è che la formalina fissa il DNA e l'RNA quindi è difficile estrarlo, va lavata via molto bene la formalina. Comunque i link che ti ha dato chick80 sono ottimi, sopratutto nel primo c'è un link ad un lavoro in cui hanno studiato proprio geni mitocondriali da campioni in formalina!

Però per favore, non duplicare il messaggio all'interno del forum (anche se in effetti la prima volta non avevi ottenuto risposte), crea solo confusione, nel caso continua in quello precedente.

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