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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 21 febbraio 2009 : 17:08:39
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Ciao a tutti,
se si trova una EST in banca dati che interessa, come si fa a vedere da quale regione del genoma viene trascritta. Ad esempio trovo una EST che mi interessa in uomo, e visto che il genome umano è disponibile dovrei riuscire a trovarla facendo un semplice BLAST della sequenza EST nel genoma , no? Invece non ci sono riuscito... perchè?
grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2009 : 15:05:07
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Le EST per definizione rappresentano porzioni di mRNA e contengono solo esoni, mentre sul genoma umano vi sono esoni e introni, per questo motivo probabilmente non riesci ad avere un buon allineamento con blast.
blast é un tool ideato per allineare sequenze genericamente: però, non ha nessuna ottimizzazione per l'allineamento di trascritti sul genoma, che é un problema più complesso.
Hai due possibilità:
- utilizzare un tool di allineamento alternativo a blast: io ho utilizzato exonerate, e credo che anche blat di ucsc sia in grado di farlo.
- allineare, anzichè sul genoma, su una banca dati di trascritti. Credo che con la nuova interfaccia di blast si possa fare abbastanza facilmente; ma in questo caso, ricorda che potresti perdere dei trascritti che non sono ancora presenti nella banca dati.
Considera inoltre che le ESTs sono sequenze ottenute con costi molto bassi, ma anche di qualità inferiore.. in genere si preferisce lavorare con un set di ESTs, piuttosto che con una.
Il fatto di trovare una EST che si allinei con un trascritto non ti permette di affermare che quel trascritto sia veramente espresso, perché il potere statistico é troppo poco significativo: ne dovresti trovare almeno 3 o 4 oppure, secondo alcuni articoli, 10. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2009 : 15:11:53
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Grazie Dallolio,
per quanto riguarda il fatto che io non riesca a ritrovare la sequenza della EST nel genoma umano, avevo pensato infatti che poteva essere dovuto al fattore esoni-introni, quindi ho provato anche con dei pezzi più corti della sequenza ma nulla da fare.
Secondo, io ho trovato delle EST interessanti facendo un tBLASTn e quello che mi interessa adesso è verificare che nel genoma di quegli organismi di cui ho trovato le EST (che rappresentano la traduzione in nucleotidi della mia proteina di partenza) ci siano davvero quelle sequenze.
Detto questo , che mi consigli di fare?
Rispondimi presto, grazie ancora.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2009 : 15:32:59
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Citazione:
Secondo, io ho trovato delle EST interessanti facendo un tBLASTn
Cosa intendi per 'interessanti'? Cosa vuoi dimostrare?
Su che database hai fatto il dBLASNn?
Citazione:
e quello che mi interessa adesso è verificare che nel genoma di quegli organismi di cui ho trovato le EST (che rappresentano la traduzione in nucleotidi della mia proteina di partenza)
attenzione, le ESTs rappresentano solo una porzione dell'mRNA di interesse (in genere, sui 200-300 nucleotidi).
Poi, non é detto che la EST sia veramente presente nel genoma dell'organismo... potrebbe essere una contaminazione. Per questo motivo in genere si lavora su insiemi di ESTs piuttosto che una EST sola.
Citazione:
Detto questo , che mi consigli di fare?
Prova ad allinearla con blat.. |
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