Si, infatti sembra che questi software utilizzano R internamente ma molto più facile da utilizzare perché hanno una filosofia di Workflow che ti guida durante tutto l'analisi!
Invece trovo che per utilizzare R direttamente bisogna essere "advanced user"
Sì, però se lo sai usare R è veramente potente! Non sono sicurissimo, ma credo che fra i vari pacchetti affy ce ne siano anche alcuni che danno un'interfaccia grafica al tutto. Per Windows è anche disponibile un editor abbastanza simpatico chiamato Tinn-R.