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sallusti10
Nuovo Arrivato

0213_da_RoMeO


27 Messaggi
Inserito il - 04 marzo 2009 : 09:06:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sallusti10 Invia a sallusti10 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve,
mi sapreste dire se esiste un tool o un programma in locale, in cui data una sequenza aminoacidica e' in grado di calcolarmi lo score di conservazione? In particolare a me servirebbe conoscere lo score di ogni aa della sequenza.
Grazie

sallusti10
Nuovo Arrivato

0213_da_RoMeO



27 Messaggi
Inserito il - 04 marzo 2009 : 17:09:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sallusti10 Invia a sallusti10 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Al momento io ho creato uno scrypt in python che si collega a genome browser ed ottiene lo score di conservazione di tutta la sequenza. Il problema sta nel fatto che genome browser mi da la sequenza della proteina in nucleotidi, quindi mi devo prima trovare gli esoni, convertirli in aa, e da li calcolare poi lo score per ogni singolo amino acido.
Volevo sapere se esiste qualcosa che data una sequenza aminoacidica, mi desse come risultato lo score totale e lo score per ogni singolo aminoacido.
So che si potrebbe utilizzare blast, ed esattamente psi blast, dove ottenendo la matrice pssm mi da nella penultima colonna lo score di conservazione, ma questo programma impiega troppo tempo. Io devo fare girare circa 27000 proteine. Sapete dirmi se c' e' qualcosa di piu' veloce?
Grazie
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