Ma non hai il manuale del vettore? Di solito è incluso e c'è spiegato tutto.
Comunque la mappa del vettore e' questa:

Il vettore pGEM è aperto, è tagliato con EcoRV e sono aggiunte delle T al 3'.
Quando amplifichi il tuo frammento utilizzando delle polimerasi tipo la Taq che aggiunge una A al 3' del tuo amplificato questo diventa complementare al vettore e per questo verrà inserito con l'orientamento corretto.
VETTORE INSERTO VETTORE
------------------T --------------A ----------------
------------------ A-------------- T----------------

