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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
 Inserito il - 03 aprile 2009 : 16:41:06
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qualcuno sa per caso in cosa consiste il pacchetto affimetrix?
io sto pensando a GCOS, dchip, e bioconductor?
avete qualche idea se sia giusto sbagliato???
grazie in anticipo.
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chick80
Moderatore
Cittā: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 aprile 2009 : 18:47:46
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Hmmmm... c'č un package di R chiamato affy, che serve per l'analisi di dati da microarray affimetrix.
Bioconductor č un insieme di packages, che contiene anche affy |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 03 aprile 2009 : 18:58:57
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Aspetta non capisco. cos'e' R.
io pensavo che per pacchetto affy si intendesse GeneChip Operating Software dato che l'affy da gia' questo tipo di software e fa tutto lui...
ma cosa e' R. ...?
grazie. |
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chick80
Moderatore
Cittā: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 aprile 2009 : 19:04:59
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Premesso che non ho mai fatto un microarray in vita mia... R č un software statistico ( www.r-project.org ) e bioconductor, cito dal loro sito:
Citazione:
Bioconductor is an open source and open development software project to provide tools for the analysis and comprehension of genomic data.
Bioconductor is based primarily on the R programming language, but does contain contributions in other programming languages. It has two releases each year that follow the biannual releases of R. At any one time there is a release version, which corresponds to the released version of R, and a development version, which corresponds to the development version of R. Most users will find the release version appropriate for their needs. In addition there are a large number of meta-data packages available that are mainly, but not solely, oriented towards different types of microarrays.
Qui il manuale di affy
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/affy/man/affy.pdf
GeneChip Operating Software č software proprietario della Affymetrix. |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 04 aprile 2009 : 18:27:57
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ciao, grazie del tuo aiuto
a questo punto ti chiederei se hai qualche info su Marray, su pubmed c'e' solo una pubblicazione non e' che per caso hai delle slide che ne parlano?
grazie in anticipo.
buona giornata. |
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chick80
Moderatore
Cittā: Edinburgh
11491 Messaggi |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 04 aprile 2009 : 19:16:29
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ma non ho capito ma non hai mai fatto un microarray in lab o non hai mai studiato microarray? se non hai mai fatto microarray come fai a sapere del pacchetto R.
ti ringrazio... sto esame mi sta mandando al manicomio.
purtroppo quel file lo avevo gia' trovato.
ti ringrazio molto per la tua disponibilita'
ti auguro una splendida serata.
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chick80
Moderatore
Cittā: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 aprile 2009 : 19:28:56
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Citazione:
ma non ho capito ma non hai mai fatto un microarray in lab o non hai mai studiato microarray? se non hai mai fatto microarray come fai a sapere del pacchetto R.
Mai fatto in lab.
Il pacchetto R lo conoscevo di nome, tutto qui. Uso estensivamente R per l'analisi dei dati e quindi mi č capitato di leggere di affy, tutto qui  |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 05 aprile 2009 : 15:24:46
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ah ora capisco :)
grazie.
buona giornata. |
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pacchetto affimetrix
Didattica e Relazioni
