Salve a tutti Sto cercando un programma di facile uso per l'analisi densitometrica di immagini acquisite allo scanner di gel di western blot. Qualcuno ha qualche suggerimento? Grazie
Non troverai mai la Verità se non sei disposto ad accettare anche ciò che non ti aspettavi di trovare (Eraclito)
1) apri l'immagine del tuo gel con in ImageJ. Ad es. prendiamo questa:
Immagine: 9,21 KB
2) Nella barra scegli il pulsante per la selezione rettangolare e disegna un rettangolo attorno alla banda interessata, poi premi "1" per marcarla (oppure dal menu Analyze scegli "Gels->Select First lane").
Otterrai un grafico dell'intensità delle bande tipo: Immagine: 35,18 KB
4) Disegna una linea di base in modo da isolare i vari picchi. Tieni schiacciato SHIFT mentre disegni la linea in modo da essere sicuro che la linea sia orizzontale. In questo caso ho anche dovuto disegnare due linee verticali per isolare la 4a e la 5a banda.
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5) A questo punto devi selezionare ciascuna banda usando il tool "bacchetta magica" e cliccando all'interno del picco della banda. Verrà indicata l'area della regione.
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6) Seleziona Analyze->Gels->Label Peaks per ottenere la % di ciascun picco.
Sì, rapportata al bianco. Non so bene come funzioni l'algoritmo usato da ImageJ, ma immagino che per ogni pixel dia un valore da 0 a 1 o da 0 a 255 o qualcosa così a seconda che sia bianco o nero, poi ne fa la somma.
sempre su ImageJ: sto provando ad installarlo, ma una volta scaricato e tentato l'avvio mi dice ch enon posso farlo con le impostazioni che ci sono...ho rpovato a modificare ma niente...ho un vista e un xp..nè su uno nè sull'altro...
SALVE CICK80.ANCHE SE INTERVENGO ALLA DISCUSSIONE IN RITARDO SPERO CHE TU MI POSSA DARE UNA MANO.MI POTRESTI DIRE IL LINK DI UN BUON MANUALE PER IMPARARE L'USO DI IMAGEJ?SECONDA DOMMANDA, MA CHE TU SAPpIA QUESTO PROGRAMMA LA CALCOLA L'INTENSITà DELLE BANDE, A ME CALCOLA L'AREA,MIN E MAX.LA MIA E-MAIL è iacsorr@gmail.com perfavore, rispondimi
Non so se si possa fare direttamente in ImageJ, falla in Excel, Calc, R, o il software che più ti piace che sia capace di fare una regressione lineare.
Prendi le intensità delle bande e fai un grafico intensità vs quantità di DNA. Costruisci la retta di regressione e vedi a che quantità di DNA corrisponde l'intensità della tua banda sconosciuta.
Software analisi densitometrica gel di westen
Guide tools online
Inserito il - 10 aprile 2009 : 16:42:29
Inserito il - 10 aprile 2009 : 17:52:34
) ma l'intensità rapportata a cosa? Al "bianco"?
