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tardiz
Nuovo Arrivato



1 Messaggi
Inserito il - 21 aprile 2009 : 15:33:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di tardiz Invia a tardiz un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Che software pubblico posso usare per cercare tutti i geni regolati da un fattore di trascrizione facendo la ricerca sulla base della sequenza cui si lega il fattore di trascrizione? (magari degenerata)
se e' un semplice blast, che condizioni vanno messe? in genere sono troppe poche basi perche' il BLAST venga fatto.
Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 21 aprile 2009 : 15:52:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non ti so rispondere, ma ad ogni modo BLAST ti direbbe solo se la sequenza č presente, non se č funzionale.
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 21 aprile 2009 : 16:15:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Puoi essere un poco piu' specifico:

- vuoi un tool con interfaccia web, o sei disposto a sporcarti le mani con la linea di comando?
- conosci qualche linguaggio di programmazione? Python?
- come é costituita esattamente la sequenza del tuo fattore di trascrizione? E' una stringa? una serie di sequenze allineate? Proviene da un database pubblico o da un esperimento?

Io proverei o a costruire un modello HMM tramite Hmmer (mi sembra che il sito non funzioni in questo momento) oppure, per motivi simili io ho utilizzato questo modulo python chiamato TAMO.
Fammi sapere con cosa ti trovi comodo.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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