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Autore Discussione  

biomolecola
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Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 20 marzo 2006 : 14:27:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Secondo voi riesco a visualizzare su agarosio al 4% bande che differiscono solo per 20 basi? I frammenti che ottengo da una digestione enzimatica sono di 130 e 20 basi. Il frammento non digerito è ovviamente lungo 150 basi. Poichè dubito di riuscire a vedere quello di 20 basi...ho paura di non riuscire a far separare bene gli altri 2!Che faccio?
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biomolecola
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 20 marzo 2006 : 14:30:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
P.S.: si tratta di almeno 200 campioni da genotipizzare per RFLP...COSTA TROPPO SEQUENZIARLI TUTTI!!!!
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data
Nuovo Arrivato

airplane_canvas

Prov.: Torino
Città: Torino


89 Messaggi
Inserito il - 20 marzo 2006 : 15:41:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di data  Invia a data un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di data Invia a data un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
130-120 secondo me se fai una corsa estenuante su un 3% (o anche di più, se vuoi controllo le concentrazioni precise che ho usato per purificare un frammentino di 100 bp tempo fa) o qualcosa del genere puoi anche farcela. Sui 20 non saprei. Per i gel molto concentrati io uso una miscela di agaroso normale insieme ad un agaroso low-melting point, in modo da poter colare il gel-cotica senza mettere l'etidio quando il tutto sta bollendo!
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno
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biomolecola
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 20 marzo 2006 : 15:53:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille!

...cmq se riesci a farmi sapere le concentrazioni precise che hai usato tu mi faresti una grande cortesia!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 20 marzo 2006 : 21:03:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non si riesce a usare gel di poliacrilammide invece dell'agarosio?
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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi
Inserito il - 20 marzo 2006 : 22:41:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
anche secondo me devi provare con la poliacrilammide, anche perchè credo che un agarosio al 4% sia un pò difficile da fare, o hai qualche metodo?!
Ciao a tutti
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biomolecola
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 10:50:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
poliacrilammide? ...200 campioni?...non mi dite queste cose!!!...posso anche sentirmi male!...e quando finisco?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 11:19:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Perche' scusa? Cosa ti cambia a fare un gel di agarosio o di polacrilammide? Comunque i campioni li devi caricare o su uno o sull'altro... e cmq se hai un gel dock abbastanza grande puoi caricare 40 campioni alla volta.
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biomolecola
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Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 11:23:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
..in genere quendo lo faccio al 12 %...ci mette almeno 3 ore per polimerizzare...e poi dovrei farli correre over night...altrimenti non separo assolutamente niente!
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biomolecola
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 11:36:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...cmq mi sa che hai ragione!...il gel di poliacrilammide è la soluzione migliore
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 12:24:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
3 ore??? I miei gel x Western blotting polimerizzavano in 20 minuti circa... pero' credo dipenda dalle dimensioni e dallo spessore.

Ad ogni modo consolati, c'e' di molto peggio! (un esempio per tutti: in-situ hybridization con probe radioattiva -> 6 settimane di sviluppo e magari viene anche uno schifo! Sono esperienze che non consiglio... fidatevi!)
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biomolecola
Nuovo Arrivato


Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 12:59:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
i gel per western polimerizzano molto prima rispetto a quelli per DNA...
...cmq...sto facendo un tentativo con agarosio 4%...vediamo cosa ne viene fuori...
...adesso carico...
...e tra un'oretta vi faccio sapere!!!
CMQ GRAZIE PER IL SUPPORTO CHE MI STATE DANDO!
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 21 marzo 2006 : 17:09:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io purtroppo sono bloccata a casa dall'influenza e non posso controllare il mio quaderno di laboratorio, ma anch'io ho avuto un problema simile in passato! Non ricordo esattamente ma i miei campioni differivano di circa 30bp tra tagliato e non tagliato, e la differenza la riuscivo a vederla anche in semplice gel di Agarosio al 2%. L'unico trucco è quello di far migrare i campioni molto lentamente. Se la tua cella elettroforetica è buona e i campioni migrano dritti nel tuo gel al 4% dovresti vederli sicuramente!

Buona Fortuna

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biomolecola
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Prov.: Napoli
Città: Napoli


40 Messaggi
Inserito il - 22 marzo 2006 : 12:30:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomolecola  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biomolecola Invia a biomolecola un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
OK!...si separano bene le 130 e 150!La banda da 20 nn si vede ma è poco importante...riesco agenotipizzare lo stesso!
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