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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 10 maggio 2009 : 23:46:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti. Ho una serie di punti che attreverso il curve fitting toolbox, ho trovato una spline che li interpola in modo ottimale. A me piacerebbe trovare i valori che assume la spline in certi punti prestabiliti. Sapete come potrei fare?

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 11 maggio 2009 : 00:38:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non conosco il tool che hai indicato, nè sono molto pratico di matlab: però in octave (alternativa free a matlab) lo puoi fare in due modi.

Il primo é che la funzione spline restituisce in output un polinomio, che puoi applicare su altri punto con ppval:
>>> x = linspace(1, 100, 100);
>>> y = x*2;
>>> pp = spline(x, y);

>>> xi = linspace(1, 100, 10);
>>> yi = ppval(pp, xi)
  yi =

       2    24    46    68    90   112   134   156   178   200
>>> plot(xi, yi)


oppure, lo puoi fare direttamente nella chiamata a spline. Se leggi nella documentazione di spline in octave, ti dice che può essere chiamata con un parametro opzionale xi, contenente i valori per cui vuoi ottenere la spline:
l:
>>> x = linspace(1, 100, 100);
>>> xi = linspace(1, 100, 10);
>>> y = x*2;
>>> yi = spline(x, y, xi)
  yi =

       2    24    46    68    90   112   134   156   178   200
>>> plot(xi, yi)

su matlab, la sintassi dovrebbe essere la stessa.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 11 maggio 2009 : 16:10:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ti ringrazio proverò a cercare
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 11 maggio 2009 : 21:27:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Lo puoi fare anche con R c'è una funzione chiamata smooth.spline

Vedi l'esempio qui:
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/smooth.spline.html

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2009 : 14:03:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Lo puoi fare anche con R c'è una funzione chiamata smooth.spline

Vedi l'esempio qui:
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/smooth.spline.html



non sapevo che anche R avesse questa opzione, proverò a darci una vista. Per ora ho risolto con matlab, la sintassi è identica a quella di octave
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2009 : 15:37:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ci sono anche altri pacchetti più complessi per il fitting in R.

Se cerchi un po' su CRAN troverai un sacco di cose!

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2009 : 16:38:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh, a questo punto si puó dire che anche python (scipy.interpolate) puo' calcolare splines e altre interpolate!!

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2009 : 16:31:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
phyton non lo sò usare. Cerco di focalizzarmi su matlab perchè si trova molto materiale.
Ho un altro dubbio in merito. Dai punti estrapolati dalla spline che interpola eccellentemente i miei punti , ho ricavato un modello di una funzione secondo un modello da me desiderato) e da questa funzione ho ricavato un vettore contenente i punti ad essa appartenenti. C'è un modo per verificare la bontà del modello da me creato? In altre parole voglio vedere di quanto il vettore dei punti della modello da me creato "distano" dalla vettore dei punti della spline. Ho provato il coefficiente di pearson ma non fà al mio caso, considerando anche che il mio non'è lineare. La somma degli scarti dite che può essere fare al mio caso? Che comandi potrei usare?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 14 maggio 2009 : 16:43:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Penso che il test di Kolmogorov-Smirnov potrebbe fare al caso tuo. Purtroppo non so dirti i comandi di Matlab, sorry.

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 18 maggio 2009 : 01:04:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Penso che il test di Kolmogorov-Smirnov potrebbe fare al caso tuo. Purtroppo non so dirti i comandi di Matlab, sorry.



ho visto ma leggendo mi dice se la distribuzione è assimilabile ad una normale, quindi non mi sembrerebbe il caso che fà per me.
Stavo pensando che nel mio caso potrebbe andar bene l'indice di correlazione di pearson in quanto io grafico la y della spline con la y dei dati interpolati con il mio modello matematica, quindi se i dati sono interpolati bene io dovrei avere una relazione lineare, solamente che usandolo ottengo degli indici molto alti, dell'ordine dello 0.98 anche in casi in cui l'andamento mi sembra un po' differente. C'è qualcosa di sbagliato? Forse non'è l'indice adatto?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 18 maggio 2009 : 08:37:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
No, puoi usare Kolgomorov Smirnov per testare una qualsiasi distribuzione. Forse l'esempio che hai visto usava una normale giusto come esempio (anche se per la normalità esistono altri test specifici).

Qui trovi un esempio: http://www.physics.csbsju.edu/stats/KS-test.html

Inoltre, ora che mi ricordo, sul Curve Fitting Toolbox (e in generale il fitting) trovi un po' di info/esempi/commenti sull'ottimo libro "Exploratory data analysis with MATLAB" di Martinez e Martinez (verso metà libro)

---

Per Pearson non ti saprei rispondere sinceramente...

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