L'elettroforesi analitica ti serve semplicemente per dire se ad es. un gene o una proteina sono espressi L'elettroforesi preparativa ti serve per separare il gene o la proteina di interesse che poi ti servirà per studi successivi.
Nell'elettroforesi analitica vedi se la tua banda è presente e poi butti via il gel... nella preparativa recuperi il pezzo di gel contenente la banda per utilizzarlo in successivi esperimenti.
in genere una tecnica analitica serve per quantizzare qualche parametro, e del campione se ne prende relativamente poco, poi si butta via tutto una volta ottenuti i risultati che si vogliono.
Per la tecnica preparativa ci si usa la massima quantità di campione e lo si "prepara" per delle procedure successive, quindi come dice chick80 si recupera il campione ad esempio purificato.