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Autore

Discussione

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 29 marzo 2006 : 16:54:14

Ho un problema di filogenesi e gradirei un aiuto.
Poich� il quesito richiede anche alcune immagini l'ho inserito com e pagina htm nell'url di un amico, con le relative domande.
l'url �

http://www.bookingitalyhotel.com/prove/HIV.htm

Ringrazio in anticipo tutti coloro che potranno fornirmi risposte

skabor
Nuovo Arrivato

13 Messaggi

Inserito il - 14 aprile 2006 : 10:35:16

Ho guardato il tuo lavoro.
Innanzi tutto come outgroup dovresti mettere UNA SEQUENZA che abbia avuto un'evoluzione indipendente dalle tue prese in esame, non credo sia corretto mettere tutte le sequenze indiane come outgrooup.

Ci sono diversi modi per costruire un albero, raggruppabili in due metodi

- UPGMA e NEIGHBOR che si basano sull'allineamento, la costruzione di una matrice didistanze e da questa l'albero filogenetico

- MASSIMA PARSIMONIA costruzione dell'albero basandosi sui caratteri

Qiando costruisci un albero con questi metodi devi prima sapere come operano, in modo da aspettarti eventuali risposte differenti.

Se fossi in te lascerei stare l'albero di ClustalX (se non sbaglio l'albero di Clustalx � un albero giuda, non un albero filogenetico) e ne costruirei uno con Philyp e uno con dnapars, in modo da avere il risultato di entrambi gli approcci (distanze e caratteri) sopra elencati, naturalmente scegliendo un'unica sequenza che abbia avuto un'evoluzione a s� come outgroup.
Dopo di che farei un bootstrap su entrambi e valuterei le differenze.