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Viper
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 31 maggio 2009 : 11:38:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Viper Invia a Viper un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti...
qualcuno potrebbe aiutarmi a installare questo programma su ubuntu?
ho preso dal sito l'installazione ma nn riesco ad installarlo
..premetto che ho pochissima esperienza con sistemi linux
grazie

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi
Inserito il - 31 maggio 2009 : 14:58:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hai 2 possibilità, una più semplice ma un po' "sporca":
1) Installi da Synaptic "alien" e "fakeroot".
Scarichi il file .rpm e lo converti in .deb con il comando (nel terminale):

fakeroot alien nomefile.rpm

Alla fine dovresti avere un deb funzionante, da installare normalmente per doppio-clic.
2) L'altra possibilità è compilare i sorgenti...

Altre info:
http://www.salilab.org/archives/modeller_usage/2007/msg00126.html
http://wiki.ubuntu-it.org/AmministrazioneSistema/Alien?action=show&redirect=AlienHowTo
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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Viper
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 01 giugno 2009 : 17:01:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Viper Invia a Viper un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao grazie per l'aiuto
ho convertito il file rpm indeb
e apparentemente sembra che me lo abbia installato
ma nn riesco a lanciare l'applicazione...magari e una cavolata ma ci sto provando da sta mattina ^^
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2009 : 09:53:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Run Modeller by typing "mod9v6" from a command line (e.g. a GNOME terminal window, KDE Konsole window, etc.). If you have Python 2.3, 2.4 or 2.5 installed on your system, you should also be able to use Modeller from a regular "python" interpreter. For example, you could run the Modeller script foo.py by typing "mod9v6 foo.py" or "python foo.py" from a command line


Fonte: http://www.salilab.org/modeller/9v6/release.html#rpm
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2009 : 09:59:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
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Viper
Nuovo Arrivato



11 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2009 : 13:29:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Viper Invia a Viper un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao e grazie per l'aiuto
tuttavia ho provato a digitare mod9v6 dal terminale ma mi compare solo la scritta "[...]" e non fa nient'altro il terminale ritona allo stato iniziale
nell guida dice di usare Python; anche nn sapendo cosa sia ho provato a installarlo e a digitare sul termiale mod9v6 foo.py ma senza successo anche in questo caso...mi copare la scritta 'Could not find platform independent libraries <prefix>'
secondo voi che devo fare?
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2009 : 15:41:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Viper...sei sicuro di voler usare Modeller?!
Modeller è un ottimo programma per fare una struttura con l'omologia di sequenza...ma non ha interfaccia grafica, quindi funziona tutto dal terminale. In particolare devi preparare degli script in python (che è un linguaggio di programmazione). Quindi, per usare Modeller devi conoscere il Python...
Una volta che hai creato uno script dai da terminale:
mod9v6 script.py

e Modeller parte, trova lo script e segue le istruzioni...

Forse nel tuo caso conviene provare un altro programma. Nella sezione protocolli del sito c'è un protocollo dedicato all'omologia di sequenza. Io non l'ho mai provato...ma potresti cominciare con questo:
http://www.molecularlab.it/protocolli/protocol.asp?id=32
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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