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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 05 luglio 2009 : 17:25:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti, devo fare una regressione lineare tra univariata. Ho utilizzato il comando lm ma ottengo il seguente errore

fm<-lm(jv_dv ~ jv_ab)
Errore in model.frame.default(formula = jdv_dv ~ jdv_ay, drop.unused.levels = TRUE) :
invalid type (list) for variable 'jdv_dv'

i dati in orgine è una colonna di numeri, in cui non è presente alcuna riga vuota o elementi non numerici

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


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Inserito il - 05 luglio 2009 : 17:51:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
i dati in orgine è una colonna di numeri,

Sì, ma è probabilmente una lista, infatti ti dice: > invalid type (list) for variable 'jdv_dv' <

Prova a convertirlo in vettore usando as.vector

es: jdv_dv = as.vector(jdv_dv)

In alternativa puoi usare una lista o un data frame contenente le 2 colonne (jdv_dv e jdv_ay) e poi passarla a lm come data. Ad es:


jdv = data.frame(dv=jdv_dv, ay=jdv_ay)
res = lm(formula=dv~ay, data=jdv) 

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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 05 luglio 2009 : 21:05:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ti ringrazio. Ho risolto, grazie mille. Ciao
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 06 luglio 2009 : 14:25:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sai per caso dirmi se in R c'è l'equivalente dell'hold on in matlab? Vorrei sovrappore due andamenti ma ogni volta che richiamo il comando plot mi ridisegna totalmente il grafico
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 06 luglio 2009 : 15:38:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dipende un po' dal grafico che stai facendo. Se sono grafici xy usa points.

Ad es:


x = seq(1, 10, 0.01)
y1 = sin(x)
y2 = cos(x)
plot(x, y1, "l", col="red")
points(x,y2, "l", col="blue")

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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 06 luglio 2009 : 15:46:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille, è proprio quello di cui avevo bisogno
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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 08 luglio 2009 : 15:20:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
invece mi sapresti dire come faccio a conoscere l'indice del valore massimo all'interno di un array? I pratica ho bisogno dell'equivalente del comando find in Matlab ed octave. Grazie
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 08 luglio 2009 : 15:59:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ci sono 3 funzioni chiamate which, which.min e which.max
Ad es:


> a = c(2,5,6,3,4,22,1)
> which.min(a)
[1] 7
> which.max(a)
[1] 6
> which(a==6)
[1] 3
> which(a<3)
[1] 1 7

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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 10 luglio 2009 : 12:10:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille, Chick ne sai a pacchi :)

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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 10 luglio 2009 : 13:45:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ho ancora una domanda da farti, ho un grafico xy, dove nell'ascissa devo mettere dei valori contenuti nella prima colonna di una matrice, mentre in y devo mettere i valori contenuti nella seconda colonna della stessa matrice. La matrice in oggetto ha solo due colonne. Dal grafico vorrei identificare l'indice di un certo elemento cliccato. Non sò come utilizzare il comando identify, ho provato scrivendo:

plot(dati[,1],dati[,2])
identify(1:length(dati[,1]),dati[,1])

ma mi dice che non riesce a trovare alcun punto.
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


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Inserito il - 10 luglio 2009 : 15:20:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Identify ti restituisce gli indici del punto che hai cliccato.

Ad es:


a = seq(1, 10, 0.5)
b = a * a
plot(a, b, "b", pch=20)
identify(a, b)


Qui ogni volta che fai un click con il tasto sx ti scriverà sul grafico l'indice del punto più vicino, fino a quando non fai un click destro. A quel punto la funzione ti restituirà un array con gli indici.
Alternativamente puoi anche passare il parametro n per limitare il numero di punti da identificare.

Es: identify(a,b,n=5) ti farà scegliere 5 punti

Altro parametro interessante che gli puoi passare è labels, che determina cosa scrivere sul grafico.

Ad es. questo scriverà la y
identify(a,b,labels=b)

Nota che comunque identify restituisce SEMPRE gli indici, non importa cosa tu metti in labels

Se non vuoi scrivere niente sul grafico passa plot=0 oppure labels=""


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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 10 luglio 2009 : 16:15:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie ancora chick. Mi sei stato utilissimo. Ciao
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


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Inserito il - 10 luglio 2009 : 17:10:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
No problem :)

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2009 : 15:21:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sono qui di nuovo a porti una domanda. Devo fare dei grafici con R in cui gli i thick axis e le etichette degli assi abbiano il font Arial, grandezza 8 e che il grafico abbia una certa dimensione preffissata. Ho visto le opzioni font.cex o font.lab ma non vanno bene nel mio caso.
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2009 : 16:28:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora, per la dimensione prefissata io in genere esporto direttamente in pdf usando il comando 'pdf'

Es:

pdf("test.pdf", width=4, height=4) # Nota che width e height sono in pollici!
plot(...)
...
...
dev.off() # Questo comando è indispensabile per finalizzare il PDF. Se non lo chiami avrai un PDF vuoto!!!


Per quanto riguarda il font è un po' OS specifico se non erro. Parliamo di Windows, Linux o MacOS?

Sotto windows CREDO che font=1 sia Arial
Oppure pdf accetta un parametro family.

Sinceramente non ci ho mai giocato... prova a dare un occhio su R-help
http://www.nabble.com/R-help-f13820.html

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


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Inserito il - 13 luglio 2009 : 20:53:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
a me piace molto una libreria chiamata ggplot2, rende molto piu' facile generare grafici di qualitá, ed inoltre permette di salvare un grafico giá plottato con la funzione ggsave().

Se avete domande su R, non abbiate paura ad aprire nuovi topic... altrimenti si creerá una discussione gigante con consigli molto utili, ma confusi...

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2009 : 21:19:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
C'è anche un ottimo libro su ggplot2
http://had.co.nz/ggplot2/book/

Molto bella come libreria, anche meglio di lattice a mio avviso

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2009 : 22:20:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille, per ora anche lì non mi hanno saputo dare una risposta. Aspetterò
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 05 marzo 2010 : 14:32:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
rieccomi a chiedervi nuovamente una cosa su r. Dopo 6 mesi che non lo uso non mi ricordo più nulla. Ma come si fà ad avere l'elenco delle variabili nel workspace?
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 05 marzo 2010 : 14:38:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da serbring

rieccomi a chiedervi nuovamente una cosa su r. Dopo 6 mesi che non lo uso non mi ricordo più nulla. Ma come si fà ad avere l'elenco delle variabili nel workspace?



La funzione è.... ls()

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 05 marzo 2010 : 17:48:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
cavolo mi ricordavo ls, ma non mi ricordavo le (). Grazie
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