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ParsINFORMATIC
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1 Messaggi

Inserito il - 07 luglio 2009 : 22:06:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ParsINFORMATIC Invia a ParsINFORMATIC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti! Sono appena approdato su questo forum :) è un po' che sto preparando l'esame di bioinformatica e ho trovato sempre molto utile questo forum e tutte le vostre risposte...ho purtroppo ancora qualche dubbio e vorrei, se possibile, porli a voi che di sicuro siete molto più ferrati di me... posso? Vado...? :) ok vado...

Cos'è il Threading? E il riconoscimento di fold?
Da cosa dipende l'accuratezza di un modello ad omologia? Perchè?

Grazie mille e scusate il disturbo

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 09 luglio 2009 : 11:02:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
le mie conoscenze sul campo sono un poco arrugginite, peró provo a risponderti.

Sono tutti sistemi per predirre la struttura terziaria di una proteina.

In un modeling a omologia, si cerca di trovare proteine con sequenza simile a quella di interesse, che abbiano giá una struttura pubblicata.
Ovvero, allinei la tua sequenza con quelle del database pdb e vedi se ne esiste una simile, dopodiché cerchi di capire quali conseguenze possono avere le differenze.
Nel threading si sfrutta un procedimento simile, solo che si cerca di individuare domini e fold simili piuttosto che una intera sequenza.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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