Salve a tutti! Sono appena approdato su questo forum :) è un po' che sto preparando l'esame di bioinformatica e ho trovato sempre molto utile questo forum e tutte le vostre risposte...ho purtroppo ancora qualche dubbio e vorrei, se possibile, porli a voi che di sicuro siete molto più ferrati di me... posso? Vado...? :) ok vado...
Cos'è il Threading? E il riconoscimento di fold? Da cosa dipende l'accuratezza di un modello ad omologia? Perchè?
le mie conoscenze sul campo sono un poco arrugginite, peró provo a risponderti.
Sono tutti sistemi per predirre la struttura terziaria di una proteina.
In un modeling a omologia, si cerca di trovare proteine con sequenza simile a quella di interesse, che abbiano giá una struttura pubblicata. Ovvero, allinei la tua sequenza con quelle del database pdb e vedi se ne esiste una simile, dopodiché cerchi di capire quali conseguenze possono avere le differenze. Nel threading si sfrutta un procedimento simile, solo che si cerca di individuare domini e fold simili piuttosto che una intera sequenza.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)