L'indice idropatico è un numero che rappresenta le proprietà idrofobiche o idrofile della catena laterale di un amminoacido. Maggiore è il numero, più idrofobico è l'amminoacido. I valori di idropatia vengono utilizzati per predire quali posizioni della catena proteica si troveranno in zone interne dove non avranno contatto con l'acqua. Spero di essere stata chiara..
calcolando l'idrofobicità media di una finestra di amminoacidi si può capire se si tratta di una proteina di membrana o no. In quanto se troviamo un numero di residui aa idrofobici >20 allora si tratta di una proteina di membrana perchè questa è caratterizzata da alfa eliche e quindi aa idrofobici (superiore a 20) che formano i segmenti transmembrana. Il sistema è un sistema di assi cartesiani con in ascissa il numero di aa (le posizioni) e in ordinata troveremo una scala di numeri positivi(aa idrofobici) e negativi (aa idrofilici).