| Autore |
Discussione |
|
|
ilasissi
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 04 agosto 2009 : 12:00:10
|
Ciao,
ho appena fatto dei western blot per un silenziamento di una proteina mediante RNAinterference, però dovrei analizzarli, ossia devo trovare la densità ottica delle mie bande in rapporto con quella della beta-actina.Ho trovato su un'altra discussione il programma image j e visto che era free l'ho scaricato. Ho iniziato ad usarlo (ho aperto la mia immagine, ho selezionato le mie linee in Analyze,Gel,Select the first lane e poi next; ho eseguito il plot lanes e poi ho selezionato i miei picchi mettendo due linee verticali per ciascuno e ho cliccato label picks). Ho salvato tutto, ma adesso non so come continuare..qualcuno mi sa dire cosa devo fare dei dati in excel?grazie!!!
|
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 agosto 2009 : 15:38:08
|
Beh, cosa vuoi vedere esattamente? Se ci sono differenze fra controlli e trattati?
Dovrai fare un test statistico es. un t-test o un ANOVA, ma dipende un po' dal tuo esperimento. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
 |
|
|
ilasissi
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 04 agosto 2009 : 16:21:16
|
per esempio in un western ho due controlli negativi dove il gene non è silenziato (presenza di una banda circa a 190 kDa) e altri campioni con diverse concentrazioni di siRNA (quindi le bande ci sono ma con intensità minore)devo trovare quanto ho silenziato in % rapportandomi alla beta-actina, la % di ogni picco credo di averla trovata (è quella che mi scrive sopra ogni picco nel plot, che per l'actina ha valori simili per ogni campione,ma non uguali!) però non so come organizzare il tutto in excel in modo da trovare una percentuale di silenziamento rapportata all'actina..
spero di essere stata chiara, scusate è la prima volta che posto qualcosa e sono proprio alle prime armi con i western e in lab nessuno mi spiega niente!!!grazie..  |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 agosto 2009 : 16:59:48
|
No, attenzione l'actina tu la usi per NORMALIZZARE il segnale rispetto alla quantità di proteine presenti. In teoria la quantità di actina in ciascun campione è sempre la stessa, quindi dividere per quel valore non cambierà il rapporto fra i vari campioni (controlli e trattati).
Fatta questa normalizzazione rapporterai ciascuna banda al CONTROLLO NEGATIVO.
Quindi, per fare un esempio con numeri inventati:
Intensità proteina:
CTRL : 120
siRNA [] 1 : 60
siRNA [] 2 : 25
siRNA [] 3 : 5
Intensità actina:
CTRL : 200
siRNA [] 1 : 195
siRNA [] 2 : 210
siRNA [] 3 : 180
Intensità proteina normalizzata (proteina/actina)
CTRL : 120/200 = 0.600
siRNA [] 1 : 60/195 = 0.308
siRNA [] 2 : 25/210 = 0.119
siRNA [] 3 : 5/180 = 0.028
Intensità normalizzata rispetto al controllo
CTRL : 0.600/0.600 = 1 = 100%
siRNA [] 1 : 0.308/0.600 = 0.513 = 51.3%
siRNA [] 2 : 0.119/0.600 = 0.198 = 19.8%
siRNA [] 3 : 0.028/0.600 = 0.047 = 4.7% |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
ilasissi
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2009 : 16:26:34
|
Grazie!!sei stato molto chiaro,scusa se non ti ho risp subito,ma ieri hanno tolto la corrente tutto il giorno in lab 
per quanto riguarda il programma image j, la mia relatrice dice che non è molto l'ideale x l'interpretazione dei western..mah, tu sai dirmi un altro prgramma free che posso scaricare?
grazie ancora.. |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2009 : 22:42:34
|
Mah, ImageJ è quello che ho sempre visto usare a tutti.
Personalmente credo sia uno dei migliori programmi per l'analisi di immagini che si trovano in giro. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
ilasissi
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 07 agosto 2009 : 11:40:09
|
| Ok,allora intanto io uso imagej in caso mi dirà lei un altro programma quando si ricorderà!grazie ciao ciao |
|
|
| |
Discussione |
|
Image J
Guide tools online
