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morgana609
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Inserito il - 15 settembre 2009 : 23:04:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di morgana609 Invia a morgana609 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao,vorrei capire bene come si può effettuare una pcr inserzione..vorrei inserire la sequenza GCATGA dove c'è asterisco...ma ho dubbi...
io procedo facendo un primer all'estremità 5' e un altro in direzione 3'-5' per capirci sotto all'asterisco...e questo sarebbe il mio primo ciclo pcr identificandolo pcr 1-3
poi
secondo ciclo definito 1-4 progettando primer all'estremità 5' e 3'...
poi altro ciclo di pcr 1-4 su miscela degli ampliconi 1-3 e 2-4
grazie alla DNApol ci sarà allungamento sequenze e quindi otterò il mio prodotto...ma quando vado ad inserire nella progettazione del primer la mia sequenza GCATGA??

Immagine:

189,46 KB

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 16 settembre 2009 : 15:18:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Lo schema è questo:


Tu devi disegnare i primer in questo modo:
- prima PCR:
* forward normale (sequenza a partire dal 5')
* reverse con inserzione(sequenza prima dell'inserzione + inserzione)
- seconda PCR:
* forward con inserzione (inserzione + sequenza dopo l'inserzione )
* reverse normale (sequenza a partire dal 3')

Poi metti assieme i 2 amplificati e fai una PCR con i primers esterni:
* forward normale prima PCR: (sequenza a partire dal 5')
* reverse normale seconda PCR: (sequenza a partire dal 3')
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morgana609
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2009 : 15:40:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di morgana609 Invia a morgana609 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

quindi se ho capito bene prova a guardare le freccie che ho aggiunto io farei:
PCR 1-3: IL PRIMO PRIMER IN 5' MENTRE IL PRIMER REVERSE CONTERò LE AT(PER ES)AGGIUNTE?
PCR 2-4: PRIMER VICINO ALL'AGGIUNTA CONTANDO LE AGGIUNTE E L'ALTRO REVERSE SEMPLICE.
PCR SU MICSELA DEGLI AMPLICONI
Allegato: inserzione.doc
128,42 KB

SCUSA IL DISEGNO..MA è PER CAPIRCI:::)
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morgana609
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2009 : 16:24:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di morgana609 Invia a morgana609 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scusa cara gf pina..ma il ragionamento per pcr DELEZIONE..è IL MEDESIMO BASTA CHE IO TAGLI LA SEQUENZA CHE NON VOGLIO QUANDO PROGETTO I MIEI PRIMER POI SEGUO SEMPRE GLI STESSI STEP...
CREDO DI AVER CAPITO..POI I PRODOTTI LI METTO IN ELETTROFORESI E DOPO?POSSO CLONARE GIUSTO?
GRAZIE GF PINA!!
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2009 : 16:58:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora non so se si è spostato qualcosa nel documento che hai allegato, ma i primers messi così sono sbagliati! Il tuo 2 sta prima del 3 e così non funzionerebbe, ho rifatto il disegno, in verde sono indicate le inserzioni:



Si per la delezione il concetto è simile.

Citazione:
POI I PRODOTTI LI METTO IN ELETTROFORESI E DOPO?POSSO CLONARE GIUSTO?

beh i prodotti si puoi separarli mediante elettroforesi ed excisione della banda dal gel.
Poi se il tuo scopo finale è clonare, si li cloni!
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2009 : 17:32:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Giusto per completezza, metto anche l'immagine per la delezione:

Le immagini le ho prese da qui: http://www.mikeblaber.org/oldwine/bch5425/lect24/lect24.htm

sono descritte anche altri tipi di mutazione che si possono introdurre mediante PCR.

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morgana609
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2009 : 17:43:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di morgana609 Invia a morgana609 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
GRAZIE!!
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