ciao,vorrei capire bene come si può effettuare una pcr inserzione..vorrei inserire la sequenza GCATGA dove c'è asterisco...ma ho dubbi... io procedo facendo un primer all'estremità 5' e un altro in direzione 3'-5' per capirci sotto all'asterisco...e questo sarebbe il mio primo ciclo pcr identificandolo pcr 1-3 poi secondo ciclo definito 1-4 progettando primer all'estremità 5' e 3'... poi altro ciclo di pcr 1-4 su miscela degli ampliconi 1-3 e 2-4 grazie alla DNApol ci sarà allungamento sequenze e quindi otterò il mio prodotto...ma quando vado ad inserire nella progettazione del primer la mia sequenza GCATGA??
Tu devi disegnare i primer in questo modo: - prima PCR: * forward normale (sequenza a partire dal 5') * reverse con inserzione(sequenza prima dell'inserzione + inserzione) - seconda PCR: * forward con inserzione (inserzione + sequenza dopo l'inserzione ) * reverse normale (sequenza a partire dal 3')
Poi metti assieme i 2 amplificati e fai una PCR con i primers esterni: * forward normale prima PCR: (sequenza a partire dal 5') * reverse normale seconda PCR: (sequenza a partire dal 3')
quindi se ho capito bene prova a guardare le freccie che ho aggiunto io farei: PCR 1-3: IL PRIMO PRIMER IN 5' MENTRE IL PRIMER REVERSE CONTERò LE AT(PER ES)AGGIUNTE? PCR 2-4: PRIMER VICINO ALL'AGGIUNTA CONTANDO LE AGGIUNTE E L'ALTRO REVERSE SEMPLICE. PCR SU MICSELA DEGLI AMPLICONI Allegato: inserzione.doc 128,42 KB
scusa cara gf pina..ma il ragionamento per pcr DELEZIONE..è IL MEDESIMO BASTA CHE IO TAGLI LA SEQUENZA CHE NON VOGLIO QUANDO PROGETTO I MIEI PRIMER POI SEGUO SEMPRE GLI STESSI STEP... CREDO DI AVER CAPITO..POI I PRODOTTI LI METTO IN ELETTROFORESI E DOPO?POSSO CLONARE GIUSTO? GRAZIE GF PINA!!
Allora non so se si è spostato qualcosa nel documento che hai allegato, ma i primers messi così sono sbagliati! Il tuo 2 sta prima del 3 e così non funzionerebbe, ho rifatto il disegno, in verde sono indicate le inserzioni:
Si per la delezione il concetto è simile.
Citazione:POI I PRODOTTI LI METTO IN ELETTROFORESI E DOPO?POSSO CLONARE GIUSTO?
beh i prodotti si puoi separarli mediante elettroforesi ed excisione della banda dal gel. Poi se il tuo scopo finale è clonare, si li cloni!