Allineamento di sequenze

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

L'essenziale di biologia molecolare della cellula
Autori Vari

Ingegneria dei tessuti biologici
Autori Vari

Metodi statistici per la sperimentazione biologica
Autori Vari

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

MolecularLab

Bioinformatica

Allineamento di sequenze

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Bioinformatica:

Guide tools online

Blog InsideBioinfo

Siti di Bioinformatica

Protocolli

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

Seffy
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 22 settembre 2009 : 14:28:58

Ciao a tutti!
vi scrivo per sottoporvi un problema con la speranza che possiate essermi di aiuto..
Vi spiego di cosa si tratta.
Devo implementare un sistema che dato un file in formato fasta contenente sequenze di DNA, lo controlla e verifica se ci sono sequenze MOLTO simili fra loro. Se si, ne considera buona solo una e le altre le scarta e come risultato finale mi restituisce un file con le sequenze buone.
non so se sono stata chiara....
ho implementato un sistema che fa il match di tutte le sequenze contro tutte, il problema � che il match � esatto, nel senso che controlla che tutte le basi siano identiche mentre a me serve un p� di tolleranza...
ci� che dovrei ottenere � una sequenza consensus ( correggetemi se sbaglio ) rispetto a quelle simili...
Ho provato ad usare clustalw ma senza successo anche perch� richiede che le sequenze siano tutte della stessa lunghezza e invece nel mio caso ovviamente sono di lunghezza diversa...
A qualcuno � successo di imbattersi in un problema simile?
Spero di averlo spiegato il meglio possibile!
Grazie a tutti!!

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 23 settembre 2009 : 08:22:29

Non ho capito, hai la necessit� di scrivere tu questo programma?! Se non ho capito male a te serve creare delle cosiddette sequence logo?! In tal caso ti d� alcuni link:
http://dalloliogm.wordpress.com/2007/11/15/come-creare-i-sequence-logos/
http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo
http://weblogo.berkeley.edu/

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

Seffy
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 28 settembre 2009 : 11:05:19

Ciao domi84!
Mi scuso per il ritardo con il quale rispondo :)
Allora il programma si lo devo scrivere io, ho controllato i link che mi hai mandato ma purtroppo non sono quello che serve a me :(
Credo che il termine esatto sia sequenza consensus non logos.
In pratica dato un insieme di sequenze dovrei verificare se ce ne sono di uguali ( o mooolto simili ) e unirle in un'unica sequenza che dovrebbe essere il risultato dei vari match...non so se mi sono spiegata...spero di si...

Seffy
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2009 : 15:56:27

Ciao a tutti, condivido la soluzione che ho trovato al mio problema

Ho trovato un tool di blast che si chiama blastclust che fa esattamente quello che volevo, ossia dato un file in input con una serie di sequenze fasta, restituisce un file con gli id delle sequenze simili raggruppati.
A questo punto posso richiamare questa routine e fare un semplice parse del file di out e ottengo il mio risultato

spero che possa tornare utile a qualcuno!
Ciao a tutti e grazie per il supporto!

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 30 settembre 2009 : 16:28:48

Grazie per aver condiviso la soluzione!!!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

Discussione

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Vai a:

MolecularLab.it

Android e Mobile



Scarica le app! Ora anche sul tuo smartphone!

Ciao Login - Iscriviti



Visitatori: 173

Newsletter
Iscriviti alla newsletter: ogni settimana notizie e fatti dal mondo biotech