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reverenda
Nuovo Arrivato
Prov.: Estero
9 Messaggi |
 Inserito il - 18 maggio 2006 : 17:44:45
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salve,
avrei bisogno di sapere se esiste un programma che permette di analizzare i possibili siti di splincing alternativo e conoscere tutti i siti possibili per l'inizio della trascrizione.
grazie mille!!!!
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"CHI BEVE SOLO ACQUA HA QUALCOSA DA NASCONDERE" |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2006 : 20:16:17
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Argomento complesso.
Ci sono diversi approcci che variano a seconda dell'organismo che vuoi investigare e delle informazioni in tuo possesso.
Se il tuo gene è conosciuto e già sequenziato (probabile se si tratta di Homo Sapiens o qualche altro organismo ben studiato), il sistema più semplice è allinearlo con il suo CDS, che puoi trovare su NCBI. Forse ti potrebbe essere utile il tool http://statgen.ncsu.edu/asg/index.php?lookupType=match&lookupValue=ENSG00000105419 o http://www.ebi.ac.uk/asd-srv/wb.cgi?method=8 .
Se invece si tratta di una seq. ignota, puoi usare predittori che si basano su motivi conservati all'interno di una specie come GeneScan (http://genes.mit.edu/GENSCAN.html), oppure, algoritmi piu' complessi e efficaci come TwinScan (http://genes.cs.wustl.edu/), che si basano sul confronto tra due o piu' organismi evolutivamente vicini e sulle sequenze regolatorie conservate fra di essi.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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alex84
Nuovo Arrivato
Prov.: Bergamo
Città: Bergamo
1 Messaggi |
Inserito il - 01 giugno 2006 : 21:47:50
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salve a tutti
mi sono appena iscritto al forum. Sono uno studente iscritto a "genomica funzionale e bioinformatica" all'università di milano.
Quì c'è un link che rimanda ad un algoritmo di predizione di siti di splicing alternativo. E' preso da uno dei nostri corsi, comunque nel sito sono presenti anche molte altre informazioni ed esercizi di bioinformatica:
http://www.pesolelab.it/Courses/BA-BM/index.php?pag=ASPIC
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 05 giugno 2006 : 13:01:51
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| Si', e' ASPIC, un predittore di splicing alternativo abbastanza ben conosciuto anche all'estero, del gruppo di Pesole all'univ. di Milano. Non l'avevo segnalato perche' in realta', non l'ho ancora usato piu' di tanto. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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