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Mikjds
Nuovo Arrivato
Prov.: RA
Città: Faenza
2 Messaggi |
 Inserito il - 17 ottobre 2009 : 01:12:31
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Salve,
ho un dubbio:
- Oligonucleotide Ligation Assay (OLA)
- Ligase Detection Reaction (LDR)
- Mismatch Ligation Assay (MLA)
in che cosa si assomigliano e, soprattutto, in che cosa differiscono?
Possono far parte tutti del gruppo dei Sequence-specific Ligation Assays?
Non ho bisogno dei protocolli...mi servirebbe una sana lezione teorica.
Grazie!
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SignorGolgi
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 29 ottobre 2009 : 16:24:10
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Metodo della Ligase Detection Reaction (LDR)
La tecnica dell’LDR è un metodo rapido e sensibile per tipizzare polimorfismi del DNA (SNPs,
microinserzioni, microdelezioni) con alta efficienza in un numero elevato di individui. Questa
tecnica sfrutta la capacità della DNA ligasi di
saldare preferenzialmente oligonucleotidi adiacenti, ibridizzati ad una molecola di DNA
bersaglio, solo se c’è perfetta complementarietà nel punto dove è presente l’interruzione a singolo
filamento tra i due oligonucleotidi.
Per tipizzare SNPs biallelici, si disegnano 3 sonde, una comune e due allele-specifiche:
• Sonda comune: si lega al prodotto di PCR che funziona da stampo, in posizione subito a
valle del nucleotide polimorfico.
• Prima sonda allele-specifica: è disegnata in modo da avere all’estremità 3’il nucleotide
corrispondente all’allele wild-type dello SNP da tipizzare.
• Seconda sonda allele-specifica: ha al 3’ il nucleotide corrispondente all’allele variante.
Se si denatura e rinatura il campione, in presenza delle 3 sonde descritte, la due sonde allele
specifiche competono per l’appaiamento al templato, in posizione adiacente alla sonda comune,
che è fosforilata al 5’. Pertanto si genera una regione a doppio filamento, che possiede una rottura
dovuta alla mancanza di un legame fosfodiesterico in corrispondenza del nucleotide che deve
essere testato. Solamente la sonda allele-specifica che è perfettamente complementare al
filamento stampo, sarà legata alla sonda comune per opera della DNA ligasi. |
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SignorGolgi
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 29 ottobre 2009 : 16:28:59
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| sia per OLA sia per LDR ti mando con mess privato due allegati che chiariscono molto bene tutto.Per MLA appena trovo qualcosa di semplice a conciso lo allego. |
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