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farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
 Inserito il - 20 ottobre 2009 : 23:17:20
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ho fatto effettuare un sequenziamento presso un service ed ho ottenuto le seguenti sequenze in FW e Rev:
FW2Ras
ATTCTATATAGTCACATTTTCATTATTTTTATTATAAGGCCTGCTGAAAATGACTGAATA
TAAACTTGTGGTAGTTGGAGCTGGTGGCGTAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAAT
TCAGAATCATTTTGTGGACGAATATGATCCAACAATAGAGGTAAATCTTGTTTTAATATG
CATATTACTGGTGCAGGACCATTCTTTGATACAGATAAAGGTTTCTCTGACCATTTTCAT
GAGTACA
REV2Ras
GCACCAGTAATATGCATATTAAAACAAGATTTACCTCTATTGTTGGATCATATTCGTCCA
CAAAATGATTCTGAATTAGCTGTATCGTCAAGGCACTCTTGCCTACGCCACCAGCTCCAAC
TACCACAAGTTTATATTCAGTCATTTTCAGCAGGCCTTATAATAAAAATAATGAAAATGTG
ACTATATTAGAACATGTCACACATAAGGTTAATACACTATCAAATACTCCNNCAGTACCT
FW1Ras
TTCTATATAGTCACATTTTCATTATTTTTATTATAAGGCCTGCTGAAAATGACTGAATATA
AACTTGTGGTAGTTGGAGCTGGTGGCGTAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAATTCA
GAATCATTTTGTGGACGAATATGATCCAACAATAGAGGTAAATCTTGTTTTAATATGCATA
TTACTGGTGCAGGACCATTCTTTGATACAGATAAAGGTTTCTCTGACCATTTCATGAGTAC
REV1Ras
GCACCAGTAATATGCATATTAAAACAAGATTTACCTCTATTGTTGGATCATATTCGTCCAC
AAAATGATTCTGAATTAGCTGTATCGTCAAGGCACTCTTGCCTACGCCACCAGCTCCAACT
ACCACAAGTTTATATTCAGTCATTTTCAGCAGGCCTTATAATAAAAATAATGAAAATGTGA
CTATATTAGAACATGTCACACATAAGGTTAATACACTATCAAATACTCCACCAGTACCT
Mi apetterei una mutazione puntiforme sul gene Kras.
sapreste indicarmi un metodo semplice per ricercare una eventuale mutazione o il mantenimento della condizione wt, tipo blast o quant'altro.
come al solito vi ringrazio in anticipo se vorrete aiutarmi.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2009 : 00:07:11
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Quello che ti serve è un programma di allineamento di sequenze, uno molto buono e free è CLC Sequence Viewer, trovi qualche discussione in proposito sul forum e Domi84 dovrebbe anche aver spiegato come si usa (penso nel suo Blog, vero Domi???).
Brevemente:
Innanzitutto devi convertire le tue sequenze reverse, facendo il reverse complement (esistono anche vari tools on-line uno ad es. è questo: Reverse Complement), poi metti nel programma di allineamento le tue sequenze e la sequenza del gene presa da genebank e fai fare l'allineamento.
Vedi subito se ci sono differenze.
Questo è un esempio fatto con le tue sequenze:
io in questi pezzi di sequenza non ho visto nessuna mutazione puntiforme!
Tieni anche presente che le prime e le ultime basi della sequenza non vengono mai lette bene, quindi è plausibile che ci siano dei gap in quei punti (ma non perché ci sono mutazioni). Dovresti anche guardare la qualità dell'elettroferogramma che dovrebbero averti mandato insieme alle sequenze e guardare se c'è qualche errore, in ogni caso non considerare le prime e le ultime basi.
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farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2009 : 06:57:57
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come al solito gentilissima.
grazie!!!!!!!!!!!!!!!!!!!  |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2009 : 09:25:14
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eheh...ma ha detto già tutto GFPina...
Citazione:
CLC Sequence Viewer, trovi qualche discussione in proposito sul forum e Domi84 dovrebbe anche aver spiegato come si usa (penso nel suo Blog, vero Domi???).
Il programma l'ho spiegato anche sul blog di molecularlab
http://www.molecularlab.it/insidebioinfo/?p=78
http://www.molecularlab.it/insidebioinfo/?p=66
Citazione:
Innanzitutto devi convertire le tue sequenze reverse, facendo il reverse complement (esistono anche vari tools on-line uno ad es. è questo: Reverse Complement)
Il tool è presente anche nella toolbox di CLC Seq Viewer, come la funzione di allineamento. Non dovrebbe essere difficile. Se hai problemi chiedi pure... |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2009 : 18:41:21
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Citazione:
eheh...ma ha detto già tutto GFPina...
mi riferivo all'utilizzo del programma.
grazie comunque |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 21 ottobre 2009 : 20:03:23
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Citazione:
Messaggio inserito da farmacologia
Citazione:
eheh...ma ha detto già tutto GFPina...
mi riferivo all'utilizzo del programma.
grazie comunque
Si ma in realtà sono stata io che ho tirato in mezzo Domi e gli ho chiesto di partecipare alla discussione, sapevo che da qualche parte aveva scritto come utilizzare il programma! 
In ogni caso se incontrassi problemi col programma, posta qui e vedremo di risolverli.
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farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2009 : 15:06:00
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potreste dare uno sguardo al file in pdf che vi allego?
Allegato:  PONTIERI.pdf
36,25 KB
ho fatto un blast allign.
potreste controllare se ho operato bene?
mi sembra che non vi siano mutazioni.
come al solito grazie, soprattutto perchè con voi sto imparando a poco a poco e mi sto anche appassionando ad unlavoro che non mi appatiene.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2009 : 16:08:24
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Si a me sembra che sia fatto tutto correttamente, immagino che la parte della sequenza dove volevi vedere le mutazioni sia quella che hai evidenziato. In ogni caso tutta la sequenza si allinea perfettamente e non ci sono mutazioni.
Lo stesso risultato che ho ottenuto anche io con l'allineamento ottenuto con CLC.
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