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Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato
60 Messaggi |
 Inserito il - 22 ottobre 2009 : 11:03:34
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Ciao a tutti, nonostante vi legga da tanto tempo non ho mai pensato di scrivere nulla, ma è arrivato il momento. Credo di essere nel posto giusto.
Vi espogo il mio problema:
ho appena concluso uno studio su una popolazione segregante di F2 (mi riferisco quindi a vegetali) per capire quale fosse la distanza in cM (quindi relativa) tra alcuni marcatori e il gene a cui sono associati.
Attualmente ho quindi una quantità di dati esagerata poichè avevo quasi mille piante su cui testare i marcatori da confrontare con il fenotipo, ma conoscere la distanza in cM non mi basta più.
Vorrei sapere se è possibile (mediante software credo di si) riuscire a fare una sorta di mini-mappa per capire se i marcatori stanno tutti dalla stessa parte rispetto al gene, se sono un pò a monte e un pò a valle.. Tutto ciò esiste? Si può fare?
A disposizione ho:
- 1000 piante F2 di cui conosco il fenotipo
- Dati di segregazione dei marcatori associati
- Piante ricombinanti per i marcatori
- Ovviamente il PC!! 
Attendo vostre segnalazioni, grazie!!
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Tutto ciò che esiste ed è in questo mondo,
sommi spiriti dei cieli, sommi spiriti della terra,
ogni cosa esista come deve.
Or ora così sia norma!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 22 ottobre 2009 : 19:37:10
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Accidenti, non ho bene chiaro come impostare il tuo problema, per cui non mi viene in mente il programma di cui hai bisogno.
Prova a dare una occhiata a arlequin (documentazione) o mega e vedere se ti sono utili. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato
60 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2009 : 23:19:38
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| Se posso dare qualche delucidazione in modo da essere più chiaro chiedi pure, sono qui apposta per farmi aiutare!! |
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