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fedemarro
Nuovo Arrivato
Prov.: PA
Cittā: Palermo
1 Messaggi |
 Inserito il - 26 ottobre 2009 : 20:22:25
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Salve a tutti!
vorrei utilizzare il metodo GMYC per l'individuazione di specie sulla base delle sequenze del DNA mitocondriale (http://www.igb-berlin.de/abt2/mitarbeiter/monaghan/GMYC.pdf).
Per far questo occorre utilizzare un albero intrametrico e cn branch lengths come input per un pacchetto del software R.
Sto cercando di ottenerlo con PAUP, banalmente utilizzando l'UPGMA, per cui una vola "executo" il mio file .nex scrivo:
set cr=d
upgma brlens=yes
savetre fi=cope.nex format=nexus brlens=yes
Giunti a questo punto o il PAUP si rifiuta di salvare il mio file, oppure lo salva... ma il pacchetto di GMYC si rfiuta di utilizzarlo in quanto non lo riconosce come albero ultrametrico... che fare? Sono veramente confuso.. e non capisco se c'č qualche bug nei programmi che ho citato o se faccio io qualche errore madornale... aiutatemi!
Grazie in anticipo
Federico
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Paup & alberi ultrametrici
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