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DockA
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 26 maggio 2006 : 20:17:07
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Salve a tutti, sono una studentessa di biotech affascinata dalla bioinformatica, e in particolare dal docking...
Non ne so ancora molto, ho scaricato un bel po' di articoli, ma non ho avuto ancora il tempo di leggerli tutti.
Mi piacerebbe saperne un po' di più, quindi qualsiasi informazione o consiglio sarà bene accetto!
Sono strafelice di aver scoperto questo forum così finalmente potrò confrontarmi con qualcuno che condivide i miei stessi interessi!!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 maggio 2006 : 17:40:40
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Ciao,
forse ti potrebbe interessare questo tutorial: http://www2.umdnj.edu/~kerrigje/pdf_files/fwspidr_tutor.pdf
Si tratta di un pacchetto di programmi (GROMACS) utilizzati appunto per la simulazione del docking molecolare, il calcolo della superficie di idratazione e queste robe qui.
Se mi ricordo bene in quel tutorial si simula proprio l'interazione di una tossina di un ragno su una proteina canale. E' un po' incasinato e torna comodo avere una buona manualità con la shell (come te la cavi su Linux o Mac?), però ti dà una paronamica anche degli altri programmi utilizzati, tipo SPDBV per la visualizzazione tridimensionale e VMD per la simulazione. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 27 maggio 2006 : 18:49:09
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Ciao, io nella tesina ho fatto praticamente solo docking, con AutoDock 3.0. Se vuoi ho un pò di materiali come manuali e articoli sul docking e sugli algoritmi che si usano.
Chiedi pure qualsiasi cosa.....(se poi so di cosa stai parlando magari ho anche la risposta ;) )
Ciao
Simo
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...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 29 maggio 2006 : 09:57:50
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| E' possibile fare docking con gromacs? Io ho sempre creduto che con questo pacchetto si facessero dinamiche molecolari. Le conformazioni dockate, da cui partire, non le ho mai generate con gromacs |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
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