Quanto è utile/interessante questa discussione:
| Autore |
Discussione |
|
|
farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
 Inserito il - 20 novembre 2009 : 20:33:31
|
di nuovo io, sempre per un vostro aiuto.
Ho effettuato una immunoistochimica al microscopio elettronico ed ho osservato che la proteina di mio interesse la ritrovo nei mitocondri e nel nucleo. Poichè non ho trovato nulla in letteratura, mi trovo in alto mare.
In particolare, partendo da questo evento osservazionale, vorrei dedurre le interazioni della proteina con le componenti mitocondriali e nucleolari.
non ho idea quale strategia tecnica intraprendere.
sapreste indicarmene qualcuna a vostra conoscenza?
|
|
|
|
|
zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2009 : 00:48:41
|
mmmm,la butto la...
isolare nucleo e mitocondri tramite centrifugazione isopicnica ed estrarre i 2 proteomi;quindi tentare una co-immuno precipitazione della proteina di tuo interesse o un pull-down assay.
o anche tramite yeast two-hybrid,ma penso che quì la faccenda si complica alquanto. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
|
 |
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2009 : 08:46:25
|
Beh, forse dovresti darci un po' di info su questa proteina...
E' una chinasi? Un TF? Una proteina del citoscheletro? Un canale? Un recettore?
Capisci che già in questi 5 diversi casi le strategie potrebbero essere molto differenti.
Inoltre prima di pensare alla tecnica comincia a pensare all'aspetto funzionale. La tua proteina dovrebbe interagire con altre proteine del nucleolo o del mitocondrio per quale motivo? Quale segnale dovrebbe generare?
Facci sapere!
nico |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2009 : 09:37:53
|
Scusa Nico se sono stato evasivo.
La proteina è p75 che, in genere, è una proteina di membrana, recettore delle neurotropine presente in condizioni fisiologiche nel tessuto cerebrale, ma anche in altri tessuti; si tratta di una glicoproteina che attraversa la membrana cellulare la cui funzione, particolarmente importante durante lo sviluppo, è quella di modularae la crescita e l’arresto della crescita delle cellule neuronali.
Non ho pensato agli aspetti che hai descritto ed in particolare, relativamente all'aspetto funzionale nel mitocondrio e nel nucleo, buio assoluto, perchè, almeno io, non sono riuscito a trovare nessun lavoro.
Per questo motivo, credo sia necessario, in prima analisi, osservare le interazioni con altre proteine o addirittura verificare, nel caso del nucleo, se essa stessa può essere un fattore di modulazione trascrizionale (in negativo o in positivo) per altri geni.
Dopo aver verificato l'eventuale interazione, passerei a formulare ipotesi e strategie mirate alla conferma.
Quello che mi manca è l'aspetto tecnico, anche se Zerhos, avrai letto, mi ha dato delle dritte sull'eventuale interazione proteina-proteina.
Io comincerei con una co-immunoprecipitazione legando la proteina G con p75 per poi metterla a contatto con il proteona mitocondriale prima e poi con quello nucleare. Successivamente passerei a una SDS-Page, colorerei il gel per vedere quale proteina mi sono portata dietro che andrebbe analizzata, forse con spettrometria di massa.
Relativamente all'aspetto nucleare non so come si possa osservare l'interazione di p75 con un promotore o con un repressore.
datemi una mano.
|
|
|
|
farmacologia
Nuovo Arrivato
100 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2009 : 09:48:40
|
| scusate, ho dimenticato di ringraziare. |
|
|
|
zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2009 : 15:15:33
|
mmmm
nel caso dell interazioni con eventuali promotori.....
immagino tu nn sappia dove si vada a legare,io suggerirei una ChIP.
Altrimenti ti prendi la sequenza promotore di interesse e fai un footprinting e verifichi eventuale legame di p75.
http://www.protocol-online.org/
quì trovi moltissimi protocolli per le tecniche suddette e molte altre,nelle diverse situazioni,spero possa tornarti utile. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
|
|
|
| |
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
| MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|
strategia di ricerca
Didattica
