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eros
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: albano laziale
7 Messaggi |
 Inserito il - 30 maggio 2006 : 17:37:10
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Qualcuno sà cosa indichi quel numero preinmpostato che viene fuori quando si valuta con Accesible aa (dal menù select) una proteina?
In secondo luogo, poi, avete consigli su come trsrre conclusioni dopo aver effettuato una sostituzione aminoacidica?
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 31 maggio 2006 : 10:01:49
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Premesso che non uso questo viewer: la cosa che mi viene in mente all'istante e' che quel numero si riferisca al raggio di una sfera ipotetica con cui si viene a definire la superficie di una proteina ("rotolandoci" sopra). In genere il raggio dovrebbe corrispondere ad una sfera il cui ingombro sterico sia analogo a quello di una molecola d'acqua (o al raggio di VdW di un atomo di ossigeno). Gli aa acccessibili sono quelli con cui questa sfera, rotolando, viene a contatto: in pratica si viene a definire lo spazio accessibile al solvente.
Per la seconda domanda: scusa la banalita', ma dipende dalle conclusioni che vuoi trarne.
Le sostituzione che ho condotto nel progetto a cui sto lavorando riguarda un'arginina con una isoleucina (tolgo completamente la possibilita' di fare legami idrogeno cercando, per quanto possibile, di mantenere lo stesso ingombro sterico). Nel wildtype l'arginina sembra non interagire con nulla, eppure e' un residuo estremamente conservato all'interno della famiglia. Per capirci qualcosa sul complesso mutato ho condotto le seguenti indagini:
1. Definizione dei residui coinvolti nell’interazione con il ligando: cambia il pool rispetto al wildtype?
2. Calcolo della Ki del complesso.
3. Valutazione della posizione del ligando (RMSD rispetto al wildtype).
4. Valutazione della mobilità del ligando(RMSF).
5. Valutazione della mobilità della proteina, mediante il calcolo delle RMSF sui carboni alfa.
6. Individuazione di quali e quante sono le molecole d’acqua residenti all’interno della cavità.
Se hai condotto la sostituzione amminoacidica in silico dovresti pure condurre un'analisi dei rotameri conformazionali (io ho scelto il rotamero presentante la piu' bassa variazione di energia libera) prima di procedere a qualsiasi indagine. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2006 : 10:56:13
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Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
la cosa che mi viene in mente all'istante e' che quel numero si riferisca al raggio di una sfera ipotetica con cui si viene a definire la superficie di una proteina ("rotolandoci" sopra)
mi sono sbagliato, ma non di molto...
il numero che ti butta fuori (secondo quello che c'e' scritto nella finestra di dialogo) ti permette di selezionare solo quei residui che mostrano una accessibilita' al solvente pari o superiore al 30% - valore di default - della superficie disponibile se il residuo fosse completamente acessibile.
Ovviamente l'accessibilita' dipende dalle dimensioni della sfera che campiona la superficie, come ho scritto sopra... |
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