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grely21
Nuovo Arrivato
70 Messaggi |
 Inserito il - 25 novembre 2009 : 23:49:52
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Ciao raga...mi sapreste per favore dire come faccio a copiare il grafico di jalview nell'allineamento multiplo?Per favore aiutatemi....devo consegnare l'esercizio per dopodomani....e poi...perchč alcuni accession number di proteine iniziano con NP_e altri con AAH... o AAI... aiuto...grazie mille
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chick80
Moderatore
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2009 : 13:58:30
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Copiare l'albero di Jalview, ma dove?
Nella versione 2.4.0, quella disponibile sul sito ufficiale al momento (non so per le altre versioni), c'é un menu' "File" in cui puoi selezionare "Save as" > "PNG", e quindi ottenere una immagine.
Dovresti spiegare meglio la domanda, magari invia uno screenshot o un esempio. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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grely21
Nuovo Arrivato
70 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2009 : 15:54:34
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Dovrei copiarlo su un documento di word ma nn mi fa copiare lo pseudoistogramma che mi compare e nn c'č nessun "save as" o cose del genere.Poi vorrei gentilmente chiedervi come si legge questo grafico che viene fuori in jalview.L'esercizio mi dā sequenze di proteine, mi chiede di fare l'allineamenyo multiplo con clustalw e po dice:
Che possiamo dire sulla conservazione delle sequenze? Quanti sono i siti completamente conservati in tutte le sequenze? Qual'e' il sito attivo? E' conservato?Devo rspondere a qsta domanda osservando lo pseudoistogramma di jalview.come faccio?
Infine un'ultima cosa per favore se mi potete aiutare.C'čun altro esercizio su psi blast che mi dā una sequenza e poi mi fa qste domande:
Exercise 1
How many sequences are reportes as Blast hits?
What is, by far, the most common protein shown as a hit in the list of scores?
Se mi potete aiutare, vi ringrazio giā da ora.Su psi blast il prof nn ha detto nulla, nn l'ho proprio capito...grazie. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2009 : 16:05:07
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Fai uno screenshot e postalo qui sul forum, altrimenti non riesco a capire quello che chiedi. Jalview puo' creare diversi grafici, istogrammi, cladeogrammi e dendogrammi, quindi non capisco a quale ti riferisci.
Per fare uno screenshot (immagino che sia sotto windows) premi il tasto 'Stampa' (print Screen) della tastiera, poi apri un programma di grafica (tipo paint), e vai su modifica->incolla. |
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grely21
Nuovo Arrivato
70 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2009 : 16:43:27
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| purtroppo nn me lo fa allegare...nn so...cmq se mi puoi aiutare cn l'esercizio di psi blast...ti ringrazio |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2009 : 17:46:56
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Su psi-blast ci dovrebbe essere giá qualcosa nel forum.
L'idea di base di psi-blast č quella di fare un profilo tra tante sequenze simili per trovare ortologhi remoti della tua sequenza.
Immagina di sapere giá che le proteine ALG1_human, ALG1_chimp and ALG1_mouse sono ortologhi, ovvero sono presenti nel genoma di human, chimp e mouse pero' hanno una alta percentuale di similaritá ed e'molto probabile che derivino dallo stesso antenato e abbiamo la stessa funzione.
Ora, vuoi cercare ortologhi in altri organismi: gorilla, ma anche lievito, etc...
Uno degli approcci che puoi utilizzare č quello di prendere le sequenze di questi tre geni, creare un profilo, chiamato anche PSMM (position score specific matrix), che rappresenta le feature importanti delle tre sequenze: per esempio, nella posizione 1 c'č una A in tutte e tre le sequenze; in posizione 2 c'č una G in una e una T nelle altre; e cosi' via.
In questo modo utilizzi lo stesso profilo e lo blasti, invece che blastare una sequenza singola: cosí é piu' facile identificare ortologhi lontani, e si ottengono risultati piu' precisi.
Ora, il funzionamento pratico di psi-blast č un poco differente da quello che ti ho appena detto, ma volevo che tu capissi il concetto di profilo (PSSM) prima di vedere psi-blast.
In pratica, con psi-blast parti con una singola sequenza, per esempio ALG1_human, quella di homo sapiens; la blasti una volta, e cosi' ottieni una lista di sequenze che corrispondono ai probabili ortologhi di ALG1_human.
Probabilmente in questa prima lista di risultati vi saranno gli ortologhi di chimp, gorilla, etc...
Dalla lista di risultati del primo blast, selezioni quelli che sembrano piu' corretti; e con questi, ti crei il profilo di cui ti parlavo prima, in cui 'metti insieme' le sequenze di tutti gli ortologhi piu' vicini alla sequenza originale.
Con questo profilo, puoi lanciare una seconda interazione di psi-blast, questa volta utilizzando il profilo come input; e nei risultati troverai le sequenze simili a questo profilo, in cui potrebbero esserci degli ortologhi che non erano identificati prima. |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2009 : 17:49:00
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Per le altre domande, non mi sembrano difficili... semplicemente, jalview ti indica con colori e grafici i punti in cui le sequenze sono conservate. Se vedi la stessa base in tutte le sequenze nella stessa colonna, vuol dire che č una posizione conservata  |
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