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pescepescetto
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 27 novembre 2009 : 23:30:45

Ciao ragazzi complimenti prima di tutto per le ottime risposte che date sono un nuovo iscritto ma pi� volte ho guardato il forum.
Avrei bisogno di una mano riguardo questo esercizio:
Disegnare una sequenza di oligonucleotide da 25nt la cui Tm sia pari a 58 gradi in condizioni di (Nacl)=0,1M
Poi c'� questo
Tm=81,5+16,6xlogbase10(Salt)+0,41(%GC)-675/n-P
GC%=0-100
(Salt)exspress at molar concentration=0-2
n=lenght of primer
P=percent mismatching expressed as 1-100
Grazie mille datemi una mano se potete grazie ancora

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 00:45:31

Beh, hai la formula per calcolare la Tm e hai tutti i parametri tranne %GC.
Sostituisci tutto nella formula e trovi %GC.

Dopodich� scrivi un oligo con quella %GC.

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GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 02 dicembre 2009 : 17:37:08

Citazione:
Messaggio inserito da pescepescetto
da: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=15820

Ciao ragazzi sono alle prese con un esercizio di genetica2:
Disegnare una coppia di primer per amplificare con una pcr una regione di 80kb(primer inclusi)descritti dalla sequenza(accanto c'� un sequenziamento)con Tm compresa tra 48 e 58 gradi centigradi a concentrazione salina 200mM.Se mi date una mano mi fareste un grande favore grazie e ciao a tutti!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!1

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 02 dicembre 2009 : 17:45:05

Come ti ha gi� risposto chick80 usi la formula che hai per calcolarti la Tm.
Dalla sequenza del frammento che devi amplificare ti disegni dei primer, poi calcoli la Tm e se non va bene li cambi leggermente.

Ad es. hai questa sequenza:

AGCAGTTGTAGCTACCCGCCCAGAAACTAGACACAATGTGCGACGAAGACGAGACCACCGCCCTCGTGTG
CGACAATGGCTCCGGCCTGGTGAAAGCCGGCTTCGCCGGGGATGACGCCCCTAGGGCCGTGTTCCCGTCC
ATCGTGGGCCGCCCCCGACACCAGGGCGTCATGGTCGGTATGGGTCAGAAAGATTCCTACGTGGGCGACG
AGGCTCAGAGCAAGAGAGGTATCCTGACCCTGAAGTACCCTATCGAGCACGGCATCATCACCAACTGGGA
TGACATGGAGAAGATCTGGCACCACACCTTCTACAACGAGCTTCGCGTGGCTCCCGAGGAGCACCCCACC
CTGCTCACCGAGGCCCCCCTCAATCCCAAGGCCAACCGCGAGAAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACCT
TCAACGTGCCCGCCATGTACGTGGCCATCCAGGCCGTGCTGTCCCTCTACGCCTCCGGCAGGACCACCGG
CATCGTGCTGGACTCCGGCGACGGCGTCACCCACAACGTGCCCATTTATGAGGGCTACGCGCTGCCGCAC
GCCATCATGCGCCTGGACCTGGCGGGCCGCGATCTCACCGACTACCTGATGAAGATCCTCACTGA

disegni il primer forward, ad es quello che ho segnato in rosso nella sequenza:

AGCAGTTGTAGCTACCCGCCCAG

e vai a vedere la Tm
(ovviamente io ho preso una sequenza a caso e preso un primer a caso senza neanche guardare come sia e quanto sia lungo, solo per darti un idea generale)