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 solco maggiore e minore DNA
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Federicax1989
Utente Junior



316 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 12:12:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Federicax1989 Invia a Federicax1989 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
vorrei capire a cosa e' dovuta la formazione di questo solco maggiore e minore..cioe' teoricamente lo so..e' dovuta alla relazione spaziale che si crea tra le catene;infatti i legami glicosidici non sono diametralmente opposti e ciascuna coppia di basi ha un lato piu' esteso che delimita il solco maggiore e un lato meno esteso che delimita il solco minore


ma non me lo riesco a immaginare visivamente.. anzi ho trovato anche un'immagine ma non capisco..help

dopo che mi sara' chiaro questo spero potro' capire il DNA Z e il DNA A

Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato

Soshifujiwara



60 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 14:40:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Soshi Fujiwara Invia a Soshi Fujiwara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io non saprei cosa risponderti, più dettagliato di così è impossibile...
Cerca di approssimare la coppia di basi ad un rombo in cui il lato maggiore è il solco maggiore e viceversa... è un pò riduttivo, ma se può aiutare...
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 14:45:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In effetti l'immagine da sopra non aiuta... da questa capisci meglio?


Da: http://chemistry.umeche.maine.edu/CHY431.html

Altrimenti prova a scaricarti una struttura di DNA in PDB e guardarla con RasMol (o programma equivalente), così potrai veramente girarci attorno e capire dove sono i 2 solchi

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Federicax1989
Utente Junior



316 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 17:32:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Federicax1989 Invia a Federicax1989 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ma quindi le scanalature sono dovute solo al fatto che i legami glicosidici non sono sullo stesso piano..le basi poi si adattano a spazi + piccoli e piu' grandi?

non sono riuscita a trovare nessuna immagine animata
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 18:11:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prova con questo PDB: http://www.pdb.org/pdb/explore.do?structureId=309D

ruotandolo in 3D è molto chiaro

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Federicax1989
Utente Junior



316 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 18:57:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Federicax1989 Invia a Federicax1989 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Prova con questo PDB: http://www.pdb.org/pdb/explore.do?structureId=309D

ruotandolo in 3D è molto chiaro



graazieee ok trovato..ogni coppia di basi da un lato confina con il solco maggiore e dall'altro col minore..vedi se ho capito bene: prendendo come riferimento a questo disegno:



guarda il secondo giro( dopo il primo giro che appare solo a meta'):
   Citosina confina col solco maggiore ;Guanina confina col minore 
   Guanina   "        "    "    "      ; Citosina "      "  "
   Timina    "        "    "    "      ; Adenina  "      "  "
  Adenina    "        "    "    "      ; Timina   "      "  "

e poi al giro seguente le cose si invertono
Citosina confina col solco minore ;Guanina confina col maggiore



INFINE: mi rispondi alla domanda del messagio precedente?grazie poi ho finito ^^
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LorenZ
Nuovo Arrivato



95 Messaggi

Inserito il - 18 gennaio 2011 : 20:54:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di LorenZ Invia a LorenZ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti, riprendo questo post per non crearne uno simile .

Volevo sapere se è giusto dire che; se guardo una faccia del DNA ( e vedo un solco maggiore ) contemporaneamente sulla faccia del DNA che non posso vedere ho un solco minore ( entrambi, i solchi, creati dagli stessi acidi nucleici ).

Grazie in anticipo
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randomcoil
Nuovo Arrivato



8 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2012 : 10:47:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di randomcoil Invia a randomcoil un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da LorenZ

Salve a tutti, riprendo questo post per non crearne uno simile .

Volevo sapere se è giusto dire che; se guardo una faccia del DNA ( e vedo un solco maggiore ) contemporaneamente sulla faccia del DNA che non posso vedere ho un solco minore ( entrambi, i solchi, creati dagli stessi acidi nucleici ).

Grazie in anticipo



Sì, è proprio così! Infatti se guardi l'immagine scannerizzata e postata da Federicax1989 qualche post sopra ti accorgi che siccome le due basi che formano la coppia sono legate al C1' dei rispettivi deossiribosi sui due lati dello scheletro zucchero-fosfato in maniera asimmetrica, creando tra loro due angoli, uno minore di circa 120°, e il maggiore di 240°, si definiscono due margini da cui guardare l'elica, il margine del solco minore, 120, e il margine del solco maggiore, 240. Ora, quando tu guardi la doppia elica e stai focalizzando sul solco minore, stai guardando le due basi dalla parte in cui i loro legami formano un angolo di 120°. Se giri dietro questo solco minore, vedrai le stesse due basi della coppia dall'angolo di 240°, e vedrai quindi il solco maggiore. Eccoti un'immagine chiarissima della cosa

http://img59.imageshack.us/img59/1511/at5.jpg

e qui un'animazione che ti fa vedere come "girando dietro" il solco minore diventa il maggiore e viceversa.

http://www.researchpipeline.com/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/dna_orbit_animated_small_color.gif
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