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rosa85
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 Inserito il - 13 gennaio 2010 : 19:55:28
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sto preparando una tesina di bioinformatica e nelle Features della mi a sequenza di mRNA ho trovato il termine conflict e non so cosa significa qualcuno mi può aiutare?????ve ne sarò molto grata
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dallolio_gm
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 Inserito il - 13 gennaio 2010 : 20:55:34
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Potresti linkare la sequenza a cui ti riferisci?
Probabilmente significa che vi é un conflitto nell'annotazione della tua sequenza rispetto ad un'altra nel database, e.g. ci sono due sequenze per lo stesso trascritto o qualche referenza é sbagliata.
Non ti devi preoccupare eccessivamente, probabilmente i maintainer di NCBI stanno lavorando sulla sequenza e presto risolveranno il problema. Se hai fretta, potresti provare a scrivere all'help desk di NCBI.
Per quello che riguarda la tua tesina, annota bene la versione della sequenza e quella del database che hai utilizzato, l'importante é che il tuo esperimento sia riproducibile. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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rosa85
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 14 gennaio 2010 : 13:47:32
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Citazione:
Messaggio inserito da rosa85
il link è il seguente grazie mille della disponibilità
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_205152.1?ordinalpos=4&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_ResultsPanel.Sequence_RVDocSum
Le note della sequenza che hai indicato dicono che vi è un conflitto nella sequenza pubblicata con l'articolo "Morshed,M., Sano,S., Nishimiya,D., Ando,M., Nishijima,K. and Iijima,S. Chicken ovalbumin promoter is demethylated upon expression in the regions specifically involved in estrogen-responsiveness", e la sequenza canonica pubblicata su ncbi.
Potrebbe trattarsi di un errore nel sequenziamento, di una svista, o semplicemente di un polimorfismo comune.
Se leggi nel campo chiamato 'COMMENT' della sequenza che hai linkato, dice che si tratta di un record che non è ancora stato sottomesso a revisione finale da parte dei maintainer e che nella versione definitiva potrebbero esserci differenze:
COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
NCBI review. The reference sequence was derived from V00383.1.
Publication Note: This RefSeq record includes a subset of the
publications that are available for this gene. Please see the
Entrez Gene record to access additional publications.
Se vuoi un consiglio, quando lavori con sequenze proteiche ti conviene utilizzare il database Uniprot piuttosto che direttamente RefSeq, perchè é annotato meglio:
- http://www.uniprot.org/uniprot/P01012
oppure su ensembl:
- http://www.ensembl.org/Gallus_gallus/Transcript/ProteinSummary?db=core;p=ENSGALP00000020965
Citazione:
approfitto della tua disponibilità e ti facio una seconda domanda cosa intendo quando scrivono codon start =1? penso che si riferisca al +1 del gene ma non ne sono certa!grazie ancora 
Anche a me sembra di sì, comunque si può controllare facilmente :-) |
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rosa85
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 Inserito il - 14 gennaio 2010 : 16:07:54
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| grazie mille lo terrò presente |
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Annotazione conflict su NCBI
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