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Bio_Noob
Nuovo Arrivato

14 Messaggi

Inserito il - 19 gennaio 2010 : 16:20:08

Dovrei scoprire + dati possibili su una proteina non ancora caratterizzata, di cui si ha la sequenza e basta...avete consigli su come procedere? dagli allineamenti con blast emerge che una prima parte della proteina � presente in moltissimi organismi, e si tratta di un dominio chinasico. Per il restante tratto di sequenza non ho informazioni, che programmi mi suggerite di usare per scoprire qualcosa? TIpo se ci sono domini conservati o che tipo di struttura secondaria pu� presentare...grazie!

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 19 gennaio 2010 : 17:29:24

Non so fino a che punto ti pu� essere utile la struttura secondaria. Io cercherei gli omologhi della tua proteina di interesse e vedrei se ci sono regioni o amminoacidi conservati durante l'evoluzione. Poi userei SMART http://smart.embl-heidelberg.de/ (sembra essere un programma molto quotato) per individuare sequenze caratteristiche.

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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