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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
 Inserito il - 21 gennaio 2010 : 12:30:39
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salve a tutti,
ho dei problemi con una dinamica molecolare di una fibra...volevo kiedere se qualsuno di voi usa gromacs e se può darmi delle delucidazioni su come "costringere" dei legami H...
immagino di dover modificare il file .top aggiungendo [constrains], ma come distanza max devo prendere quella dal file pdb?? e poi nel file.mdp
all dicitura constrain posso mettere h-bonds senza che mi succeda qualcosa anche all'acqua???
spero di essere riuscita a farmi capire...
in attesa di aiuto, continuo a leggere la mailing list di gromacs...
grazie a tutti
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 12:47:55
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| sulla parte tecnica non saprei...se vuoi posso cercare di aiutarti sulla teoria...a cosa ti serve? ke forza utilizzi? è un metodo empirico o semiempirico?è un MD classica o stocastica? |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 13:00:51
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| beh io faccio una semplice dinamica molecolare con campo di forza gromos, spce come acque e condizioni periodiche del contorno...è una MD classica.. |
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 13:11:41
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| kiedo a una persona ke ci lavora in chimica computazionale,,se mi delucidazioni ti faccio sapere..ti faccio sapere se è possibile tieni presente che non so ke utilizzo devi fare!cioè cosa devi prevedere con questa simulazione?se cambi come dici tu ateri il potenziale di learnd-jones a alla fine ti trovi un calcolo ke è solo teorico ma non è una simulaione tanto reale...dimmi cosa vuoi prevedere.. |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 13:39:21
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| allora visto che la fibra ke sto simulando viene da un complesso di fibre di livello superiore, voglio in un certo senso ridurne la libertà ...per come l'ho messo ora, cioè con i terminali carichi senza alcuna costrizione riesco solo a vedere che singolarmente questi strand sono molto flessibili, ma voglio vedere se in una sorta di "minima costrizione" questo sistema si stabilizza...non so se ha senso, ma mi serve anche per capire quali sono le interazioni che stabilizzano di più il sistema.. |
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 14:12:02
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premetto ke essere kiari non è semplice...il programma calcola le equazioni del moto di newton arriva alle tratiettorie di tutte le n particelle
-la traiettoria di una particella specifica la posizione e la velocita in funzione del tempo
-visto ke la soluzione è numerica cioè discreta si ottiene una successione di posizioni e velocita in M istanti di tempo successivo
-quindi ottieni una successione di m configurazioni che costituiscono un campionamento dello spazio delle fasi di tutto il sistema (in N parcelle)
considere ke la forza te la calcola in maniera classsica e non quantistica :Fij uguale derivata parziale Vij/der. parz di ri
se tu fai riferimento ai legami H allora la forza tra 2 atomi ti sara data da:24epsilon/sigma (2 (sigma/rij)^13 - (sigma/rij)^7 cosi il programma ha l' espressione della forza in termini discreti,da quello ke ho capito il programa usa l' algoritmo di Verlet: quindi tu hai una configurazione trovati la curvatura del potenziale! poi calcola la velocita dalla forza e ottieni una nuova posizione ke corrispondera a una nuova energia e geometria.Ora la scelta dell' intevallo di tempo è importante per applicare corretamente l' algortimo per molecole flessibili e legami flessibili è consigliabile un tempo di 10^-15 ... se tu stai in un sistema solvatato da come ho capito devi aggiungere il contributo ettrostatico nell' espressione dell' energia e considerare una costante dielettrica
nell' interazione tra i vari atomi ora questo non so se te lo fa direttamente il programma...quindi sicuramente se cambi i parametri è diverso non so se si stabilizza come pensi tu.quindi d come ho capito fai prima una simulazione normale e poi ''costringendo'' i legami H ti ripeto il programma non lo uso ma teoricamente dovrai confrontare una simulazione normale con quella ke vuoi fare tu e poi paragonare l' energia delle 2 configurazioni!cmq secondo me ritornadno alla domanda iniziale qualkosa all' aqua ti succede perke il programma tiene conto di un' interazione diversa. |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 14:30:36
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lo scopo è appunto quello di confrontare un sistema non costretto con un sistema costretto, per quanto riguarda i tempo credo di aver letto che bisgna usare un intervallo di 2fs, ma se entriamo in termini di algoritmi non so cosa dirti...a quanto ne so ne usa due LINCS e SHAKE ma non saprei dirti quale sia il più adatto
ul fatto dell'acqua credo tu abbia ragione, ma se definisco manualmente gli atomi o legami "costretti" nella topologia e nel file.mdp non dovrebbe riuscire a discriminarli????
anke se teorico ogni confronto è gradito!! |
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2010 : 14:37:49
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| be come ordine di grandezza del tempo stiamo la....se riesce a discriminarli personalmente non so!!:( |
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constrain h-bond
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