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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
 Inserito il - 28 gennaio 2010 : 23:27:58
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Vi espongo il problema. Si tratta di un laboratorio didattico. Abbiamo fatto una Real Time su una ChIP ed onde evitare di fare una curva di taratura a testa l'assistente ha fatto una curva di taratura per tutti con i suoi input al 10%, 1% e 0,1%. Abbiamo letto poi tutti i nostri campioni ed il programma della Real Time ha riportato tutto alla retta che si era calcolato con gli input dell'assistente, ma ovviamente ciò non va bene perché le quantità di DNA di partenza erano diverse per ognuno. La nostra corsa consisteva di un input all'1% e di due campioni sperimentali. Il problema è la normalizzazione dei valori. L'assistente se ne è uscita con una proporzione:
Input assistente : Input studente = X : Campione studente
In questo modo la X si ricava con X = (Inp Ass/Inp Stud)*Campione.
Il primo rapporto (Inp Ass/Inp Stud) l'ha chiamato fattore di conversione. E fin qui con la matematica ci siamo.
Ora, la maggior parte delle persone, me compreso, ha normalizzato i valori in un altro modo. Per calcolarsi il fattore di conversione ha fatto il rapporto inverso e cioè (Inp Stud/Inp Ass) e poi ha moltiplicato il fattore di conversione per i valori dei campioni, perché è come se rapportassi i miei valori alla curva e non i valori della curva ai miei. Per l'assistente questo ragionamento non fila perché nel caso usassi questo secondo fattore di conversione per lei dovrei dividere i campioni sperimentali per il fattore di conversione e non moltiplicare.
Io mi chiedo...ma moltiplicando per un fattore di conversione o per l'altro, comunque sia stato calcolato, tanto i valori non vengono normalizzati lo stesso?
Spero di essermi spiegato, ma per favore aiutatemi...Il ragionamento dell'assistente fila ma ho qualcosa dentro che mi dice che anche il mio ragionamento fila...
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2010 : 18:23:03
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Secondo me ha ragione l'assistente.
Siccome la curva è stata fatta con i suoi dati il ragionamento da seguire è questo:
la curva creata dall'assistente é quella che ti permette di calcolare i risultati, quindi devi rapportare i risultati alla sua curva, non vice versa.
Poniamo per semplificare di avere questi risultati:
la curva dell'assistente (perfetta!  ) ti dà una concentrazione di 10 per il punto 10%, di 1 per 1% e di 0,1 per 0,1% (che fantasia!).
Lo studente fa il suo punti 1% e viene fuori 1,2 anziché 1, ciò vuol dire che ha "sovrastimato" quel punto e quindi tutti i suoi risultati sono più elevati di un certo fattore f (chiamato fattore di conversione).
A questo punto per rapportare i dati alla curva in modo che all'1% corrisponda una concentrazione di 1 devi calcolarti il fattore f che sarà dato da: IA/IS = 1/1,2 = 0,8
a questo punto se tu prendi i valori che hai ottenuto dai tuoi campioni devi moltiplicarli per questo fattore f, questo ti abbasserà i valori che hai ottenuto (che sono stati sovrastimati) e saranno rapportati alla curva.
quindi ad es. hai ottenuto: C1= 1,5 e C2= 2
moltiplicandoli per f avrai:
C1= 1,5 x 0,8 = 1,25
C2= 2 x 0,8 = 1,6
Se tu facessi il contrario: IS/IA otterresti 1,2 e quindi:
C1= 1,5 x 1,2 = 1,8
C2= 2 x 1,2 = 2,4
quindi li sovrastimeresti ulteriormente.
Se lo studente B avesse invece sottostimato il valore di 1% e ottenesse 0,7 al posto di 1 avresti:
IA/IS = 1/0,7 = 1,4
ammettendo che i valori che ha ottenuto siano: C1= 0,89 e C2= 1,14
moltiplicando per f:
C1= 0,89 x 1,4 = 1,25
C2= 1,14 x 1,4 = 1,6
che come vedi corrispondono una volta "normalizzati" ai tuoi.
Se si facesse il calcolo con il fattore IS/IA, avresti:
IS/IA = 0,7
C1= 0,89 x 0,7 = 0,62
C2= 1,14 x 0,7 = 0,8
A parte il fatto che per rendere più evidente la cosa ho utilizzato valori che dessero lo stesso risultato, ma la cosa che devi vedere chiaramente è che in un caso hai che se "sovrastimi" i valori rapportandoli alla curva li riabbassi, mentre se li "sottostimi" rapportandoli alla curva li rialzi.
Nel secondo caso invece le cose andrebbero in senso opposto, se hai "sovrastimato" i valori con quel calcolo li sovrastimi ulteriormete, e vice versa.
Non sono più dati confrontabili!
Spero di aver chiarito.
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2010 : 18:33:07
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Yes yes...Chiarissima!!! E ti ringrazio tantissimo per la pazienza e la disponibilità!!!
Però rimango con un dubbio...Supponiamo che sovrastimo o sottostimo tutti i campioni perché imposto male il calcolo del fattore di conversione. Mi porto dietro l'errore di sovra o sottostima per tutti i campioni, quindi in teoria le differenze si appiattiscono? Oppure questo ragionamento non s'ha da fare perché dato che moltiplicherò l'errore di sovra o sottostima sarà proporzionale alla grandezza del valore sperimentale? Non so se mi sono spiegato... |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2010 : 18:49:19
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Citazione:
Messaggio inserito da Schuldiner86
Però rimango con un dubbio...Supponiamo che sovrastimo o sottostimo tutti i campioni perché imposto male il calcolo del fattore di conversione. Mi porto dietro l'errore di sovra o sottostima per tutti i campioni, quindi in teoria le differenze si appiattiscono? Oppure questo ragionamento non s'ha da fare perché dato che moltiplicherò l'errore di sovra o sottostima sarà proporzionale alla grandezza del valore sperimentale? Non so se mi sono spiegato...
 se ho capito giusto quello che intendi, se consideri solo i tuoi valori si, li sovrastimeresti tutti dello stesso valore. Però potresti confrontarli solo tra di loro, non con altro.
In realtá il senso è questo, tu potresti costruirti la "tua curva" utilizzando il fattore di conversione "invertito" (chiamiamolo così) e riportando i valori ottenuti dall'assistente al "tuo" valore. Otterresti una curva più alta. (che non disegno qua perchè ci vorrebbe troppo!)
Il fatto è che però rimane una cosa tua, non rapportabile al lavoro fatto dagli altri.
Comunque ammettendo che la diversità tra i dati tuoi e dell'assistente sia dovuta "solo" ad una pipetta tarata male e quindi la tua sovrastima sia imputabile a quello. La curva che otterresti in questo modo (riportando i valori della curva dell'assistente al tuo imput) sarebbe "la stessa" che avresti ottenuto se avessi fatto tutti e 3 i punti della curva tu con la tua pipetta. |
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2010 : 18:57:07
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Quindi a rigor di logica se posso fare una curva sovrastimata posso fare tante curve con i valori degli altri sovra o sottostimate, ognuna con un equazione diversa, ecco perché non posso fare i confronti con il fattore di conversione "invertito" giusto? Però posso comunque confrontare gli stessi campioni con lo stesso grado di sovra o sottostima...ecco dove era l'inghippo!!!
GRAZIE MILLE!!!  |
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Normalizzare valori Real Time
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